外一章 河山表里更分明 明清之际的风起云涌
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第一节 甲申国变
公元1644年，在中国干支纪年中为甲申年。这一年，中国发生了天崩地裂之剧变，江山易主，坐困北京的大明王朝、坐大盛京（沈阳）的满清、盘踞西北的李自成及张献忠，几方征战多年，终于在这一年尘埃落定。
甲申1644年，是——
明朝统治中国二百七十六年的最后一年；
清朝入主中原二百六十八年的第一年；
李自成建立大顺政权的一年，也是灭亡的一年；
张献忠建立大西政权的一年。
虽然大明王朝的政治、军事、经济都已经连续烂了六七十年，虽然长城外的女真族在辽东地区连续扰攘了几十年，虽然农民军在广大中原和西北地区已经窜扰了十几年，然直到1644年，才真正到了决定胜负成败的关键时刻。
1644年三月，李自成率领大顺军兵不血刃地攻下了大明京师北京城，大明皇帝崇祯于煤山自缢身亡。
1644年四月，山海关外的满清辫子军接受前大明骁将吴三桂的邀约，入关与李自成在山海关决战，随即将登基才一天的大顺皇帝李自成赶出了北京城。满清年仅六岁的皇帝福临轻而易举地登上了紫禁城中明朝十余位皇帝坐过的金銮宝座，一手拉开了历时二百六十八年的大清王朝的序幕。
1644年八月，张献忠带兵挺入四川，攻陷成都，并于成都称帝，改元大顺，建立了大西政权。
以纪年而言，1644年是明朝的崇祯十七年，清朝的顺治元年，大顺政权的永昌元年，大西政权的大顺元年。四种纪年代表着四个互相敌对的政权，继续延续着逐鹿中原、雄霸天下的争斗。
这就是惊心动魄的甲申1644年，一个风云突变、天翻地覆的年代。
尤其值得注意的是，1644年的甲申，几方逐鹿中原之势力均以“顺”字为标识：李自成自称“新顺王”，后又建“大顺”国号；张献忠建大西政权，以“大顺”为年号；满人入主中原，第一个年号称为“顺治”，福临亦被称为顺治皇帝。
《礼记·礼运第九》云：“天子以德为车、以乐为御，诸侯以礼相与，大夫以法相序，士以信相考，百姓以睦相守，天下之肥也，是谓大顺。”
顺民心者得天下，几方同时高举起“顺”的旗号，标榜自己应天顺民。江山如画，一时多少豪杰。
第二节 冲冠一怒为红颜崇祯十七年（1644年）正月，农民起义军领袖李自成于西安建国改元，旋即渡河东征。明军精锐早已损耗殆尽，根本无力抵挡李自成兵锋。大顺军一路势如破竹，直入中原，逼近畿辅，对大明京师北京构成严重的威胁。
无将可用、无兵可派的崇祯皇帝在徘徊许久后，终于着手采用饮鸩止渴的最后一步棋——飞檄辽东总兵吴三桂入卫京师。吴三桂以骁勇善战著称，其部亦是大明最后一支劲旅，但吴氏率军入关[1] ，也意味着大明撤去了最后一道防线，将辽东拱手送给了女真人。
当年三月，崇祯皇帝诏封吴三桂为平西伯，命其入关勤王，并起用吴父吴襄提督京营。由于明廷已有明确放弃关外土地之意，官绅家属和相当一部分辽东百姓均跟随吴三桂进关。
明朝死敌满清果然闻风而动，摄政王多尔衮“闻中国本坐空虚，数日之内，急聚兵马而行。男丁七十以下，十岁以上，无不从军。成败之判，在此一举”，几近倾国之力，连女真人自己也称：“前后兴师，未有如今日之大举。”
辽东明军在平西伯吴三桂及辽东巡抚黎玉田带领下，于三月十三日进入山海关，驻扎于永平府[2] 。然吴三桂等人还未来得及赶赴京畿面圣，李自成已兵不血刃地进了北京城，崇祯皇帝亦在满腔愤恨中绝望自杀[3] 。
局促在关内的吴三桂，立时处于一个微妙而尴尬的夹缝位置——山海关外，满清多尔衮正率大军南下；山海关内，李自成几十万大军近在咫尺。而吴三桂手中只有不足五万人马，无力与任何一方抗争。况且崇祯皇帝已上吊自杀，明朝不复存在，于他而言，可走之路只有两条——要么降顺，要么降清，且不容迟疑，时势迫其必须立即作出选择。
此时的局面是：李自成已占据北京，即将成为新王朝的新皇帝，于普通人看来，不过是中国历史上又一次的改朝换代而已，最常见不过。除此之外，吴三桂父亲吴襄及其在北京的家眷亦已落入李自成之手，要保全亲人性命，降顺势在必行。
但吴三桂与满清亦有千丝万缕的联系，其舅父祖大寿及兄长吴三凤早已投降满清，满清皇太极执政时，更是反复招降过吴三桂，除了祖大寿、吴三凤等亲属、旧谊招降信源源不断外，皇太极本人亲自两次致书吴三桂，劝其“相时度势，早为之计可也”，但吴三桂并没有接受。
即便盘算清了哪种选择更有利，吴三桂还是表现出职业军人的素养，没有立即作出选择，而是不断派出探报，窥测形势及方向。谁也料不到的是，历史将因为一个女人而改写。
李自成进北京后，大肆拘禁明朝文武百官，以种种残暴手段勒索财物，名为“助饷”[4] ，吴三桂之父吴襄也未能逃脱此命运。大顺将领刘宗敏抄了吴襄的家不说，还将吴三桂爱妾陈圆圆据为己有。
陈圆圆本为江南名妓，殊色秀容，花明雪艳，能歌善舞，色艺冠时。其人归于一介武夫吴三桂，内中亦有一段跌宕起伏之故事——
明朝末年，明廷千疮百孔，摇摇欲坠，内有起义军风起云涌，外有满人虎视眈眈。而紫禁城后宫亦不平静，田贵妃在激烈的明争暗斗中脱颖而出，宠冠六宫。周皇后不甘心受到冷落，然其样貌、风度确实远远不及田贵妃。她思虑过后，便派父亲嘉定伯周奎去寻觅一位才貌双全的绝代佳人，引入皇宫，好与田贵妃争宠。
周奎身负秘密使命来到江南，四处探访，终于选中了两名女子，一是柳如是，二是陈圆圆。二姝均有倾国倾城之貌，香姿玉色，神韵天然，且各有所长——柳如是才气纵横，有林下之风[5] ；陈圆圆歌舞出众，人云“声甲天下之声，色甲天下之色”。
然彼时柳如是、陈圆圆俱已名花有主，柳如是与文坛盟主钱谦益相恋，陈圆圆亦已与复社名士冒襄私下定情。二姝虽出身风尘，却因心有所属，不愿意成为皇帝的女人。钱谦益虽因党争而失意于官场[6] ，却是名副其实的东林党党魁，影响力不容小觑。在他亲自出面斡旋之下，柳如是得以解脱。
陈圆圆得知自己被周奎选中后，亦是惊慌失措，立即向情郎冒襄求助。
冒襄字辟疆，江苏如皋人，出身望族，其父冒起宗官至山东按察司副使，督理七省漕储道。冒襄幼有俊才，负时誉，名入“复社四公子”之列，是当时著名的才子。其人号称“天下第一美男子”，时人称冒氏“所居凡女子见之，有不乐为贵人妇，愿为夫子妾者无数”，风流俊赏，声名更在其父之上。南京名妓董小宛是秦淮河上有名的冷美人，第一次见到冒襄，便对其一见倾心，不惜放弃自尊，低三下四地主动追求，足见其人仪表风度之出众。然冒襄因早已与陈圆圆定情，对董小宛的示好只是视而不见。
只可惜乱世之际，有情人多难成眷属，陈圆圆将周奎欲选己入宫一事告知情郎后，冒襄大惊失色。他虽有些名声，究竟只是一介布衣，如何能与主宰天下的崇祯皇帝争女人？于是当机立断销声匿迹，当了缩头乌龟。陈圆圆由此被送入紫禁城中，开始了跌宕起伏之人生，最终落得“一斛明珠万斛愁，关山漂泊腰肢细”。
冒襄失去陈圆圆后，董小宛乘虚而入，以为可以凭借柔情赢得天下第一美男子的欢心。冒襄虽然也与董小宛应酬来往，却并未动真心，始终不肯出资为董小宛脱籍，甚至为躲避佳人狂热追求而远走他乡。董小宛热脸碰了个冷屁股，却依旧矢志不渝，表示非冒襄不嫁。后来还是柳如是实在看不过眼，仗义出手相助，请钱谦益出面出资为董小宛赎身，又将其送至冒襄居处。冒襄无可推托，这才不得已将董小宛收为姬妾。
有意思的是，民间一直有传闻说——令大清顺治皇帝神魂颠倒而不惜得罪所有人的董鄂妃，便是冒襄之侍妾董小宛[7] ，爱妾为满清皇帝所夺，这正是冒襄宁死不能降清的缘由[8] 。
如果传闻为真的话，这位为无数女子倾慕的第一美男子亦可谓世间最悲苦之人——情人陈圆圆被大明崇祯皇帝多夺，侍妾董小宛则被大清顺治皇帝霸占，而他最后爱上的女人吴琪死不肯与他在一起[9] 。
再说陈圆圆。其人以周奎义女身份入宫时，正值崇祯皇帝内外交困、身心俱疲——内有起义军风起云涌，外有满人虎视眈眈，大明王朝摇摇欲坠——根本没有心思另结新欢。周皇后见皇帝对陈圆圆并不动心，只好打发她回了周府。
某日，辽东总兵吴三桂回京奏事，公务之余，到国丈周奎家中做客，一眼相中了陈圆圆。彼时吴三桂手握重兵，在明廷有举足轻重之势，周奎正想要着意结纳，便将陈圆圆送给了吴三桂。
吴三桂得到陈圆圆后，极尽宠爱之能事。吴氏正妻张氏貌丑而悍，吴三桂对其颇为忌惮，不敢携陈圆圆至辽东，只将爱妾留居京都，与父亲吴襄住在一起，这才有了后来陈圆圆为大顺将领刘宗敏所夺之事。但刘宗敏也未能坐拥佳人，李自成听说陈圆圆有之美貌后，即派人向刘宗敏索走，收陈圆圆入内室，预备立为妃子。
此时的李自成，并未完全被胜利冲昏头脑。他也意识到驻扎在山海关的吴三桂是一支不容小觑的劲旅，派明降将唐通招降吴三桂。又召来吴襄，命其写信招降吴三桂。信中说：“尔以君恩特简，得专阃任，乃怯懦观望，使西兵长驱。事机已去，天命难回，尔君已逝，尔父犹存。呜呼！识时务者，可以知所变计矣。及今早降，不失通侯之赏，犹全孝子之名。”正在观望中的吴三桂听唐通“盛夸自成礼贤，啖以父子封侯”，怦然心动，遂决意投靠大顺政权。大局由此而定。李自成派唐通接管了山海关，又召吴三桂入京。
三月二十二日，也就是崇祯皇帝上吊自杀三天后，吴三桂派人在永平府张贴告示，称：“本镇率所部军队前往北京朝见新主，所过之处一定秋毫无犯，地方百姓不必惊恐。”所谓“新主”，即指李自成。此告示等于公开表明吴三桂将向李自成投诚。
三月二十六日，吴三桂率部往北京进发。行至离北京不远的河北玉田县时，吴三桂遇到了自北京逃脱的仆人，得知爱妾陈圆圆为大顺军刘宗敏所掳，登时勃然大怒，奋声道：“大丈夫不能保一女子，何面目见天下人！”决定转变态度，以武力对抗李自成，此即世人津津乐道的“冲冠一怒为红颜”。
形势从这个时候开始陡转急下，历史的偶然性使吴三桂扮演了一个举足轻重的角色，整个转折点则因一个女人而发生。
吴三桂骤然变卦后，即带领部将直奔山海关，突袭唐通，重新占领了山海关。唐通率领残部，撤往山海关附近的一片石。
但唐通败走并不代表终极胜利，更大的考验即将到来。山海关地区彤云密布，笼罩着高度紧张的战争气氛。时人士佘一元有《述旧事诗》云：“吴帅旋关日，文武尽辞行。士女争骇窜，农商互震惊。”生动记述了当地百姓的惶惧不安。
在“维时内无军需，外无援旅，人心汹汹，不保朝夕”的局面下，吴三桂自知无力与李自成大军争锋，决意倒向满清一方，派人给摄政王多尔衮送信，以大明忠臣的形象，请求满清出兵为崇祯皇帝报仇。回报是，承认满清已经占领的辽西为满清所有，另有“大利”奉上[10] 。
再来看看满清多尔衮这边的动向。多尔衮听说李自成大军进逼大明京师后，即率大军南下，欲趁火打劫。在行军路线上，多尔衮采纳了明降臣洪承畴的建议，准备避开山海关，由蓟州、密云破边墙而入。
行途中，清军遇上了吴三桂使者副将杨珅、游击郭云龙，二人携带着吴三桂的求援书信。吴三桂在信中称多尔衮为“盖世英雄”，请其速速出兵，“灭流寇于宫廷，示大义于中国”。
彼时消息不通，多尔衮收到吴三桂的书信时，方才得知崇祯皇帝已然上吊自杀，大明王朝不复存在，而今占据紫禁城金銮殿的是农民军大顺首领李自成。
形势乍变于呼吸间。昨日的对手变成了猛兽，更强大的敌人出现了。
多尔衮果断决定，大军掉头，急行军转向山海关，且由入侵的外敌，摇身变成了为明讨贼的义师。
北京城中的李自成获悉吴三桂叛变的消息后，一面命由吴襄出面，写信规劝吴三桂，希望借父子之情使他幡然变计；一面准备武力平叛。
四月十三日清晨，李自成亲自统率大军向山海关进发。随行的有明朝太子朱慈烺、永王、定王及吴襄等人，表明李自成仍有心通过君、亲之义来招降吴三桂。
直到这个时候，李自成还不知道满清多尔衮大军已将接近山海关，胜利、权力骤然而至，他早已忘记了关外还有一支清军，亦对大明江山虎视眈眈；他更不知道吴三桂同清方勾结已成定局，招降的可能性早已不复存在。
吴三桂得知李自成亲统大顺军主力迫近山海关时，再次派人催促清军火速来援时，请求多尔衮“速整虎旅，直入山海”；另外，又派使者去见李自成，试图拖延时间。
大顺军行至三河县时，遇到了吴三桂使者。来人称吴三桂仍愿意投诚，请求缓师。这当然只是吴三桂的缓兵之计，好等到满清援军到来。仅此一节，便可看出吴三桂两面三刀、擅玩权术的一面。
而在此关键时刻，经历过无数大风大浪的李自成竟然天真地相信了吴三桂，派明降官密云巡抚王则尧以兵部尚书的官衔去山海关与吴三桂谈判，并下令大顺军停止进军。
从北京到山海关，大约五天可以抵达。大顺军四月十三日出发，在三河县遇到吴三桂使者后，便放慢了行军速度。等了两日后，李自成不见王则尧归来，心中起疑，这才下令继续向山海关进发。大顺军抵达山海关时，已是四月二十日。
此时，吴三桂已在关内沿石河一线布防，做好了作战准备。就在同日，满清多尔衮接到了吴三桂的第二封催促信，为防大顺军抢先占领山海关，立即下令兼程前进。清军以一天二百里的速度急行军，途中，与已投降李自成的唐通军相遇，唐军被歼灭，唐通逃脱，后降清。
四月二十一日晚，清军到达山海关关城十里处。这时，大顺军与吴三桂军正在激烈鏖战之中。多尔衮没有立即下令投入战斗，而是坐观其变。
再回到四月二十一日上午辰时（约为八点），山海关战役于此时开始。李自成恼恨吴三桂首鼠两端，决心全歼关辽兵，不留后患，是以全力以赴，不但派大军包围了吴三桂军，还派兵截其后路，防其逃出关外。而吴三桂军也下决心与大顺军死战到底。
双方激战一昼夜，到四月二十二日上午，吴三桂军损失惨重，已有不支之势。
而多尔衮率大军进至离关城仅二里处，却依然不发兵援助吴三桂，只在欢喜岭的威远台上观战。
到了此时此刻，面对欲置自己于死地的强敌李自成，以及关外按兵不动的多尔衮，吴三桂的处境和思想都发生了很大变化，他知道他已经无法掌控局势，除了投降满清，再无其他自保之路。于是，最初延请清兵相助的初衷完全变了质，吴三桂也由此被后人认为是不折不扣的开关延敌的民族叛徒。
十万火急下，吴三桂亲自带领部分兵马和当地乡绅冲出关门求见多尔衮，请求清军立即参战。形势逼迫下，吴三桂同意在平定李自成后，整个中国都将属于多尔衮之“贵国”，并杀白马黑牛立誓，且按满族习俗当场剃发，等于接受了多尔衮的招降。多尔衮则许诺将皇太极的女儿建宁公主嫁给吴三桂的儿子吴应熊，“折箭誓为婚姻”。
双方达成协议后，多尔衮遂下令清军入关。当时大风扬尘，风沙猛烈，能见度极低，兼之大顺军与吴三桂军激战一昼夜，进攻稍见松懈，清军得以从容布阵，随即呼啸出击。大顺军见强敌忽现，虽拼死抵抗，但远远不是以逸待劳的清军的对手，阵容大乱，大将刘宗敏也负了伤。督战的李自成见败局已定，急下令撤退。
风沙利于清军布阵，也给了大顺军撤退的良机，直到风沙减弱之后，清军才知道敌军已被击溃。
机遇就像阳光，它会公平地照在每一个人身上。捕捉机遇，就是捕捉历史。命运多次青睐了李自成，然因为他在山海关丧失了机遇，最终与历史擦肩而过。
如果李自成早一两天抵达山海关，那一战便不是那个结局。他对整个局势缺乏大局观，不但对吴三桂判断失误，亦从未料到满清会迅疾介入。仅从这一件事上，就知道在群雄并起的动荡时刻，李自成坐不了天下。
而山海关之战不仅扭转了李自成个人的命运，亦号称是决定中国命运的一战。
当时吴三桂军约为五万，李自成所率大顺军大约十万，多尔衮部在七万左右。三支军队中，清军战斗力最强，将士及马匹均披甲胄，异常坚硬，百步之外箭矢无法洞穿，号称“铁骑”。吴三桂军则是明军精锐，与满清对抗多年，亦是骁勇善战之辈。大顺军大多是新加入的农民，没有受过正规军事训练，素质远远不及二者。但大顺军也是一支不容小觑的“虎狼师”，平时杀俘虏以其血饮马。马饮惯了血，对水不屑一顾。打仗前一日，往往不饮马，让马特别饥渴。上了战场后，战马一旦闻到血腥味，奔腾嘶鸣，眼睛发红，简直像狮子一样。大顺军将士骑这种马冲锋陷阵，往往攻无不克。
在这种形势下，介于顺、清之间的吴三桂便具有举足轻重的地位——
如果吴三桂投降李自成，则大顺军兵力约为来犯清兵一倍，且能仗着山海关要隘御敌于关外；如果吴三桂叛投满清，双方优劣对比和局势就完全颠倒过来，清、吴联军在兵力数量上也占了优势。也就是说，风云际会中，满清和大顺军隔关对峙，吴三桂意外成为直接影响中国局势发展的关键人物，对于明朝灭亡后究竟是由大顺还是满清朝廷统治天下关系重大。
最终的结果是，吴三桂投向了满清，就此改变了历史的走向——大顺军后来的命运几乎可以用一败涂地来形容，而满清则在入主中原上迈出了极其关键的一步。
而这一切的起因，竟是那个名叫陈圆圆的女子[11] 。
谁都没有想到的是，吴三桂对时局的巨大影响力，还将持续到康熙一朝。
李自成吃了败仗后，退兵途中便将吴襄处斩。等回到北京，又杀了吴三桂家眷三十四口，只留了陈圆圆一人。
而吴三桂却在山海关战役刚刚结束时就率领军民正式剃发降清，由多尔衮承制封为平西王，赐玉带、蟒服、鞍马、弓矢等物。诗人吴伟业[12] 有《圆圆曲》叹息道：“妻子岂应关大计，英雄无奈是多情。全家白骨成灰土，一代红妆照汗青。”吴三桂因陈圆圆而背父弃君，以全家成灰的代价，终换来“一代红妆照汗青”。
败回北京后，李自成曾经考虑过据守北京，但很快又决定放弃北京，主动西撤。
吴三桂得胜的消息很快就传开了，北京士民并不清楚吴三桂已经降清，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位。街市有歌谣嘲笑李自成道：“自成割据非天子，马上登基未许年。”
当时北京城里的官绅士民并不清楚吴三桂已经投降清朝等情况，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位。没有人想到除吴三桂外还会有别人来占领这座城市，甚至当人们听说有一支“大军”由东而来，而且有人说看到了齐化门外贴有题以“大清国”字样的布告之时，人们仍没有料到会是由清军来占领此城。
五月初一，士绅官吏耆老出城数十里迎接，昂然而来的不是明太子，而是满清摄政王多尔衮。众人大为震惊，有偷偷溜走者，有惶惑无措者。少数官员则迅速默认现实，将错就错地将多尔衮迎入北京。
多尔衮从朝阳门经正阳门进入皇宫。因紫禁城大部已被李自成撤退前纵火烧毁，多尔衮便将摄政王府设在未遭火焚的武英殿中，一边派遣各路军队出京追击李自成，一边着手采取一系列措施安抚人心，稳定局势。
当时满清显贵均提议在北京城大肆屠戮，然后带着战利品返回关外。多尔衮力排众议，决策定都北京，并派遣心腹到沈阳去迎接顺治皇帝。
顺治元年（1644年）九月十九日，顺治皇帝抵达北京，由正阳门进城，入住紫禁城武英殿。十月初一，顺治至天坛祭天。十月初十，在皇极门颁布即位诏书，表示他是君临天下的皇帝，满清正式开始统治中国。
这就是风云变幻，王朝更迭的1644年。短短一年间，明朝和农民军相继败亡，实令人不胜感慨。
第三节 生于忧患，死于安乐明朝灭亡后，明宗室在南方陆续建立了一些政权，包括弘光政权、隆武政权、鲁王监国、绍武政权及永历政权，五个政权加起来前后共历十八年（1644—1662年），通称为南明。
其中弘光、隆武和鲁王三个政权均只维持了一年，绍武政权仅存四十一天。而永历政权之所以存在了十六年，盖因龙拏虎攫，总在黄河、长江两流域，而西南之地向来和大局关系较浅[13] 。限于篇幅，本节重点讲述弘光政权，其他将会相关之处一带而过。
甲申之变后，崇祯皇帝自尽，大明王朝覆灭，满清轻而易举入主北京，但淮河以南绝大部分地区仍然由明朝势力控制。明朝为两京制度，南京作为陪都，与北京一样，设有一套政府机构，有独立的六部和五军都督机构，只不过诸司印信全都移至北京，没有实权。
1644年初，当李自成率大顺军进逼北京时，在南京吏部任职的复社巨子陈子龙已预料到京师难保，说服江南巡抚郑瑄秘密上书，建议崇祯皇帝送太子朱慈烺到南京，做好监国准备。同时，南京畿道御史祁彪佳[14] 亦开始招募水军，以拱卫江南。
有远见的不独陈子龙，翰林学士李明睿甚至当面向崇祯皇帝提出：朝廷正值“危急存亡之秋”，唯一明智的选择，就是放弃危在旦夕的北京，迁都南京。崇祯皇帝脸色立变，迟疑了一会儿，才应道：“此事重，未可易言。”
李明睿便以南宋迁都临安为例，讲了一通道理。崇祯皇帝似乎有些动心，但因有其他大臣在场，又不便明言，遂令李明睿等人退出。
当晚，崇祯皇帝单独召李明睿进宫，问及南迁的细节。李明睿称当务之急是要招募一支护送皇帝南下的新军，但朝廷拿不出这笔开支，除非皇帝动用自己的小金库。李明睿大着胆子道：“内帑不可不发，万一行至中途，赏赐不足，出处甚难。”
崇祯一听说要自己掏腰包，便很不高兴，于是这次秘密召见不欢而散。
然而当李自成的大顺军兵临居庸关时，十五岁的太子朱慈烺都意识到北京保不住了，迁都之议再起，不过这次是明面上的，而且与李明睿之提议大有分别——
朝中以左都御史李邦华为首的大臣主张送太子朱慈烺南下，于南京监国，而崇祯皇帝该当留守北京，肩负守卫社稷之责。这其实是要求崇祯自我牺牲。崇祯迫于形势，只得装腔作势地道：“国君死社稷，恒理也。”话一出口，又忍不住道，“言迁者，欲使朕抱头鼠窜耶？”满腔怨恨之意，溢之言表。
兵科给事中光时亨见皇帝不高兴，立即挺身而出，抨击主张南迁的李邦华和李明睿，言辞极为激烈。众大臣揣摩圣意，亦掉转风向，纷纷附和。然而崇祯皇帝愈加愤怒，因为他的本意是想自己南下，令太子留守北京，不想这帮愚蠢的大臣会错了意。于是，崇祯一面说“光时亨阻朕南行”，一面又指责李明睿结党欺君，称：“诸臣平日所言若何？今国家至此，无一忠臣义士为朝廷分忧，而谋乃若此！夫国君死社稷，乃古今之正，朕志已定，毋复多言。”
皇帝越说越气，当场下令将李明睿处死。还是光时亨出面求情，崇祯才就此作罢，但“南迁之议寝矣”。
到了三月，时局愈加不利，崇祯不得不打出最后一张王牌——召吴三桂入关勤王。大臣们遂再次联名上书，请送太子朱慈烺至南京，督率江南军事。崇祯还来不及回答，光时亨便大声质问道：“奉太子往南，诸臣意欲何为？将欲为唐肃宗灵武故事乎[15] ？”
言外之意，是暗示请送太子朱慈烺南迁的大臣在密谋拥立太子，逼迫崇祯退位。众大臣惶然失色，“遂不敢言”，再无人敢提南迁之事。
崇祯既不同意迁都，也不遣太子及重臣去南京，这一决议对后来的局势产生了深远影响——满清入主北京时，完整接管了大明中央政府，将一大批精英官吏收于麾下。后来满清能迅速统一中国，站稳脚跟，也是得益于这批汉人官吏。
大顺军进逼京畿时，南北交通中断，明廷消息亦无法发出。1644年四月初一，南京兵部尚书史可法发布“号召天下臣民起义勤王捐赀急事”檄，预备率兵渡江，北上勤王。不出几日，便得到了崇祯皇帝已于三月十九日在煤山自尽的消息。当时人们还不敢相信，只以为是流言。直到四月十七日，大学士魏炤自北京逃出，证实了这一消息的真实性。
震惊之后，南京大臣亦很快意识到，要延续明朝命运，需立即立一位新皇帝。而李自成占领北京后，崇祯皇帝的三个儿子，包括太子朱慈烺在内，均落入大顺军之手。李自成败出北京后，三位皇子均下落不明，极可能已为大顺军加害，大臣们遂将目光投向明宗室子弟。当时有不少明朝宗室为避战乱而来到南京，如万历皇帝朱翊钧之孙福王朱由崧、隆庆皇帝之孙潞王朱常淓等。于是，各方各派出于各自利益，再次上演明朝末年党争的一幕。
东林党人兵部侍郎吕大器、礼部侍郎钱谦益和翰林院詹事姜曰广支持立潞王朱常淓，认为其人贤明谨慎。凤阳总督马士英则拥立福王朱由崧。福王名声很差，号称“无知”“贪婪”“酗酒”“凶残”“专横”“好色”“不孝”，但与崇祯血缘最近。立贤派与立亲派产生了激烈冲突，南京大臣大都卷入其中。然马士英棋高一着，拉拢了握有兵权的高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清诸将领。南京廷臣集议时，“吏科给事中李沾探马士英指，面折吕大器。马士英亦自庐、凤拥兵迎福王至江上。诸大臣乃不敢言”。福王之立，基本上就是一次军事政变。
令人意外的是，本可左右大局的南京兵部尚书史可法始终置身事外。史可法是东林党人左光斗弟子，本该支持钱谦益等人立潞王朱常淓，但他出于大局考虑，担心舍亲立疏会引起更大的风波，于是在这场贤亲角逐中保持了沉默，最终默认了福王之立。
明崇祯十七年，清顺治元年，公元1644年五月初三，马士英等拥立明福王朱由崧监国于南京。自明成祖朱棣迁都北京后，南京宫殿虽然有皇族及大臣驻守，却日渐趋冷。至崇祯年间，因历代水患、风宅及大火，南京皇宫已相当破败，三大殿荡然无存，群臣勉强修缮了武英殿，迎朱由崧入住。五月十五日，朱由崧在在武英殿即位，年号“弘光”，是为弘光皇帝。
这位弘光皇帝果然不负其声名，一登基便急不可待地沉溺于酒色，“帝深居禁中，唯渔幼女，饮大酒，杂伶官演戏为乐”，亦由此被人称为“暗弱”的典型。
除了在苏州、杭州、嘉兴、绍兴等地区大肆选美之外，弘光还派人四处捕捉癞蛤蟆，以剥取蟾酥制作春药。内监们公然打出“奉旨捕蟾”的旗号，民间因而称弘光为“虾蟆天子”[16] 。
弘光政权从一开始便是党派斗争的产物，马士英因拥戴有功，开始把持朝政，扶植亲信阮大铖。阮大铖与东林、复社积有极深的宿怨[17] ，一上台大肆铲除异己，名士如侯方域、冒襄都曾遭其逮捕迫害，就连兵部尚书史可法亦被排挤出朝。时人有歌谣唱道：“长官多如羊，小吏贱似狗……可叹江南钱，尽入马家手。”
东林、复社人士为求自保，转而求助于大将左良玉，左良玉世镇武昌，拥有数十万重兵。马士英、阮大铖则援引江北四镇兵力作后盾。双方针锋相对，各自兴风作浪，为争夺权势而出尽全力。弘光朝廷的内部纷争，令这一小朝廷始终处于动荡之中，根本无暇北顾。而满清豫亲王多铎却是马不停蹄，攻破西安、击败劲敌李自成后，又立即分军南下。就在满清大军南下、形势危急之际，镇守武昌的左良玉竟发兵南下，声称要“清君侧”“除马阮”。主持朝政的马士英不但不予以安抚，以共对强敌，反而公然提出：“宁可君臣皆死于大清，不可死于左良玉之手。”有人抗言道：“淮扬最急，应亟防御。”马士英怒道：“有议守淮者斩。”
朝议之后，由弘光皇帝下诏，令督师在外的史可法尽撤江防之兵，以拱卫南京、对抗左良玉。
这一内讧的最终结果是：左良玉于途中病死，其部为黄得功等人击溃，残部后投降清军。史可法得知消息后，又率军回师扬州。此时，满清多铎大军已进至距离扬州二十里处下营，次日兵临城下。史可法孤军抵抗数日后，以身殉国。
扬州是清军南下时遭遇顽强抵抗的第一座城池，为杀一儆百，满清进行了疯狂大报复，烧杀抢掠持续十天，“城中积尸如乱麻”，扬州军民除少数破城前侥幸逃出者以外，余人几乎全部惨遭屠杀，是为历史上著名的“扬州十日”。
史可法亲信幕僚王秀楚为极少数幸存者之一，他根据亲身经历著有《扬州十日》记录其事：“自四月二十五日起，至五月五日止，共十日，其间皆身所亲历，目所亲睹，故漫记之如此，远处风闻者不载也……诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土；满地皆婴儿，或衬马蹄，或借人足，肝脑涂地，泣声盈野。”
清兵杀人如麻，流血有声，扬州顿成人间地狱。比地狱更难忘的场面，是百姓不知反抗、引颈受戮的场面：“杀声遍至，刀环响处，怆呼乱起，齐声乞命者或数十人或百余人；遇一卒至，南人不论多寡，皆垂首匐伏，引颈受刃，无一敢逃者。至于纷纷子女，百口交啼，哀鸣动地，更无论矣。日向午，杀掠愈甚，积尸愈多，耳所难闻，目不忍睹。”
到五月初四日，天色放晴，屠杀始止。“道路积尸既经积雨暴涨，而青皮如蒙鼓，血肉内溃。秽臭逼人，复经日炙，其气愈甚。前后左右，处处焚灼。室中氤氲，结成如雾，腥闻百里。”后寺院僧人焚化积尸，“查焚尸薄载其数，前后约计八十万余，其落井投河，闭户自焚，及深入自缢者不与焉。”
唐诗人杜牧有诗描绘扬州云：“青山隐隐水迢迢，秋尽江南草未凋。二十四桥明月夜，玉人何处教吹箫。”至此，二十四桥均化作了灰烬。
史可法养子史德威被清兵擒获，其身上携有史可法生前写给满清豫亲王多铎的信，作为对多铎之前招降的回复。信中道：“败军之将，不可言勇；负国之臣，不可言忠。身死封疆，实有余恨。得以骸骨归葬钟山之侧，求太祖高皇帝鉴此心，于愿足矣。弘光元年四月十九日，大明罪臣史可法书。”
多铎读信后颇为动容，下令释放史德威，令其入城为史可法安排后事。当时扬州城中处处积尸，尸体被雨水浸泡，大多腐烂，无法辨认。史德威只好以史可法冠服及笏板代尸，安葬在扬州天宁门外的梅花岭，此即为至今尚存的史可法衣冠冢。
梅花如雪，芳香不染，因英雄忠义之气，衣冠冢遂成胜迹，备受敬仰，凭吊者不计其数，史可法亦被认为是仅次于文天祥的民族英雄。
史可法死后，明军毫无斗志，多数一矢未发即仓皇投降。五月初五日，清军进抵长江北岸，次日便渡过了长江天险。
五月初十夜，弘光皇帝带着马士英等少数心腹秘密出逃。次日，群臣才发现皇帝不见了，于是也逃的逃，走的走。以南京守备赵之龙为首的重臣经紧急商议后，决定降清，派人前往清营接洽。五月十五日，在倾盆大雨和泥泞中，明重臣赵之龙、钱谦益等献南京城投降。
南京作为大明开国之地、两京之一，一度被天下人看作复兴中心，就这样糊里糊涂地沦陷了。后人孔尚任有诗道：“渔樵同话旧繁华，短梦寥寥记不差。曾恨红笺衔燕子，偏怜素扇染桃花。笙歌西第留何客，烟雨南朝换几家。传得伤心临去语，年年寒食哭天涯。”
逃走的弘光皇帝在途中与马士英失散，最终被追兵擒获，后解送北京处死，南明弘光朝就此覆灭。
北宋末年，靖康之变，宋室南渡，偏安于一隅，在极端困难的局面下，苦苦支撑，风雨飘摇，一百五十二年后，才亡于彼时世界上最强大的对手——蒙古。而弘光朝初建之时，控制着半壁江山，且多为经济发达、人口密集之地，各方面条件、状况远远胜于靖康末年，在人力、物力上，也要优于满清及大顺政权。可惜的是，党争、内讧、腐朽，汉民族最悲哀的种种，均在这一时期最大限度地呈现出来，弘光小朝廷亦成为历史上又一个“生于忧患，死于安乐”的速亡政权，仅存一年。往事南朝一梦多，兴亡转瞬闹秋虫，历史只在瞬间改写。弘光朝覆灭后，马士英被视为罪魁祸首，如大名士张岱指责道：“弘光痴如刘禅，淫过隋炀，更有马士英为之颠覆典型，阮大铖为之掀翻铁案，一年之内贪财好杀， 酒宣淫，诸凡亡国之事，真能集其大成。”
这也是时人的普遍看法，马士英因而被南明唐、鲁两王势力拒之门外。他遂盘桓于浙江一带，仍不断参加反清活动，事败后逃入了四明山，削发为僧，后被清军搜获，不屈而死。
张岱是天下有名的花花公子，“少为纨绔子弟，极爱繁华”，然清军占领江南后，他断然放弃了享乐，奔去鲁王麾下。不久鲁王政权覆灭，张岱不肯剃发作满清的子民，遂披发入山，变成了野人。又花费心力，编撰了一部《石匮藏书》，详细记述了明朝历史，好让世人以史为鉴，正如黄宗羲所说：“国可灭，史不可灭。”
并不是所有人像钱谦益那样卑微投降，也不是所有人像张岱那样归隐山林，江南不少士人选择了自杀殉国的方式，但也有人选择了积极反抗。
第四节 剃发令东林党魁钱谦益以南明重臣身份举城投降时，曾告知清军统帅豫亲王多铎道：“吴地民风柔弱，飞檄可定，毋须再烦兵锋大举。”意思是江南民众不会激烈抵挡清军。
事实也如钱谦益所言，清军占领南京后，派出使者招抚江南各地，南直隶各府县大多纳土投降，各地乡绅还在城墙上大书“顺民”二字，清军由此顺利控制了江南。清廷以为大局已定，下令多铎等回师北京。偏偏在这个时候，摄政王多尔衮下了一道态度强硬的“剃发令”，下令所有汉人必须剃发：“文武军民一律剃发如满族式样，不从者治以军法。”[18]
“剃发令”下达后，处处可见清军兵勇带着剃头匠，挑着担子巡行在城镇乡村，担子上挂着“留头不留发，留发不留头”的粉牌，见人便捉，再强行剃发，留金钱鼠尾辫。
中国以家族宗法为根本，因“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也”，“衣冠束发”是汉人的外在标志，延续了几千年。剃发令一出，触及了汉人士民的底线，“而中原之民，无不人人思挺螳臂，拒蛙斗”，风起云涌的抗争就此而起，原本已经降服的地区纷起反抗，江南大地顿时陷入血雨腥风之中。
清江阴知县方亨到任后，第一件事便是令书吏书写告示，令百姓剃发。书吏写到“留头不留发，留发不留头”一句时，义愤填膺，将笔扔到地上，道：“就死也罢！”当场辞官离去。消息很快传遍全城，人们群情激愤，均不肯剃头。
方亨大为恐慌，忙派人上报常州府，请求派兵来，“多杀树威”。信使出城时被民众截获，江阴百姓遂自发组织起来，将方亨逮捕，推原任典史阎应元为首，以“大明中兴”为旗号，正式反清。
阎应元入城后，盘点了全城户口人数，挑选年轻力壮的男子组成民兵，分派到四门守城。
清军很快得到消息，统帅多铎根本没有将江阴小城放在眼中，派出三百人马前去镇压，结果三百人被阎应元率领的军民尽数全歼。
多铎大为愤怒，再派明降将刘良佐进攻江阴。刘良佐原为江北四镇之一，曾被弘光皇帝封为广昌伯，清军南下时不战而降。他麾下有数万军队，尽是南明精锐，包围江阴县城后，却是屡攻不利。刘良佐亲自到城下劝降，阎应元掷地有声地道：“有降将军，无降典史！”
多铎见刘良佐久攻江阴不下，又派恭顺王孔有德“率所部兵协攻”，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵携带红衣大炮助攻。阎应元率领军民在极度不利的状况下扼守危城，坚持了八十天后，终被清军红衣大炮轰塌城东北角，城墙崩塌，城池由此而破。阎应元负伤后投湖自杀，被清军及时从水中拖出，因不肯投降遇害。
清军出于报复目的，大肆屠城，两日后才“出榜安民”，此时，江阴城中百姓仅剩“大小五十三人”，将近七万军民死于清军的血腥屠杀中。然在江南各地望风披靡之时，阎应元以微末小吏的身份，凭借江阴百姓的支持，临危不惧，力战强敌近三月之久，实在是南明史上光彩夺目的一页。时人有对联赞扬江阴百姓的英勇牺牲精神：“八十日戴发效忠，表太祖十七朝人物；六万人同心死义，存大明三百里江山。”在江阴百姓抗清同时，嘉定也因抗拒剃发而起兵。当地乡绅侯峒曾带领儿子侯玄演、侯玄洁，联合进士黄淳耀及其弟黄渊耀号召民众反清复明，于城上树立白旗，写着“嘉定恢剿义师”。
清吴淞总兵李成栋闻讯率五千精兵来攻。李成栋原是明将高杰部将，后投降清军，其人骁勇善战，部属也多为精锐。而侯峒曾等人率领的只是临时组织起来的农民，人数虽众，却没有作战经验，稍一交锋，便被击溃。李成栋又以红衣大炮轰城，很快就攻破嘉定，侯峒曾等人尽数遇害。
李成栋因亲弟死于攻城之中，野蛮报复，下令屠城。清军“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草丛棘，必用长枪乱搅”，连一草一木也不放过。亲历者朱子素有《嘉定屠城略》记录其事：“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼藉。”
大屠杀持续了整整一天，有三万多人遇害。之后，这支拖着大辫子的汉人军队，带着抢掠的约三百船财物，志得意满地离开了嘉定。
嘉定的劫难还没有结束。李成栋撤退后，幸存者开始陆续回到城中。诸人见到如此惨状，愈加仇恨清廷，遂在一名名叫朱瑛的义士领导下，重新集结了两千多人，杀死了清廷委派的官吏。新县令浦嶂侥幸逃脱后，奔去向李成栋求助，又引清兵杀回嘉定，见人就杀，再放火焚尸，嘉定又惨遭“二屠”。
二十天后，南明将军吴之番率部攻入嘉定，击溃了城中的清兵。不久，李成栋整军反扑，第三次破城，不仅将吴之番及其部属砍杀殆尽，还顺带屠杀了刚入嘉定避乱的两万民众。嘉定再度血流成河，是为历史上著名的“嘉定三屠”。
尽管江阴、嘉定等地的抗清均以惨败而告终，但这一系列的自发抗清运动多少牵制了清军的进军，从而给南明其他抵抗力量的组建赢得了时间，尽管这也不一定是明朝的转机，但至少人们怀抱了期望。
第五节 楸枰三局“剃头令”在江南激起滚滚洪流后，多尔衮也有所畏惧，急派明降臣洪承畴取代多铎，形式上是汉人统管江南，力图以此来抚慰江南。
洪承畴以招抚江南大学士身份抵达南京时，有人将黄道周所作对联书写在城外清凉山乌龙潭边：“史册流芳，虽未灭奴犹可法；洪恩浩荡，未能报国反成仇。”联中镶嵌了史可法、洪承畴二人的名字，“成仇”即为“承畴”之谐音，可谓巧妙之极。
洪承畴以明重臣身份降清，又指引清军入关，实对满清问鼎中原立有不世之功，汉人均斥其无耻变节，就连洪母及亲弟洪承畯也面责他不忠。乌龙潭的对联，不过是千万羞辱中极微不足道的一条罢了。而这副对联的作者黄道周，后来也死在了洪承畴手上。
将史可法作为“开清第一功”洪承畴的比照，也表明史可法在世人心中的分量，即使在史氏死去数年后，其声望依然不减，在民间有巨大的号召力。顺治五年（1648年），宣城人朱国材称史可法未死，以史可法名义号召民众反清复明，巢县生员祖谦培、无为州生员沈士简等十余人听说后，均“头巾蓝衫”，前往谒见。
清廷闻知后，亦大为紧张，立即派人逮捕了史可法家眷。有明降将是扬州之战前锋，其人佩服史可法忠义，遂主动出面，称是他亲手杀死了史可法，又称如果朝廷因有人冒充史可法反清而逮捕史氏家眷，反而给了冒名顶替者以口实。清廷觉得有理，这才释放了史母等人。后朱国材亦起兵失败，被无情镇压。
以血肉之躯奋起反抗的不独有普通民众，一些士人亦为反清复明而积极奔走，这其中，最有名的当数复社巨子陈子龙。清军进占南京后不久，陈子龙即与好友夏允彝在故乡起事，并联合了夏允彝门生江南副总兵、威虏伯吴志葵。义军进攻苏州时失败，吴志葵不听陈子龙劝阻，将二万水师移营黄浦江，因水道狭隘，船队被迫拉长，导致首尾不能相顾，仅支撑两月，便被清军击败，松江随即陷落。夏允彝赋绝命词，投河自尽。陈子龙因家中尚有祖母，于混乱中逃脱。
之后，陈子龙写下于混乱中逃脱一诗：“行吟坐啸独悲秋，海雾江云引暮愁。不信有天常似醉，最怜无地可埋忧。荒荒葵井多新鬼，寂寂瓜田识故侯。见说五湖供饮马，沧浪何处着渔舟？”英雄末路的落寞，忧国伤时的悲伤，表现得淋漓尽致。但陈子龙仍然是江南一带抵抗力量中最有名的人物，不但清军出动大批人力追捕他，就连远在东南的隆武政权、鲁王监国亦闻其大名，隆武授陈子龙兵部左侍郎、左都御史，鲁王则授陈子龙兵部尚书，节制七省漕务。
陈子龙祖母去世后，他再度冒险返回故乡，重新投入复兴明朝的大业中。彼时清松江提督为吴胜兆，其人为辽东人，与清江宁巡抚[19] 土国宝及总督军务招抚江南经略使洪承畴均有矛盾。吴胜兆幕僚戴之俊与陈子龙是旧识，受陈子龙激发，暗中策动吴胜兆反正。事情进展得很顺利，吴胜兆同意反清复明，在松江发动起义，鲁王监国也准备派水师北伐，以策应松江。
清松江同知杨之易是著名东林党人杨涟之子，本预闻其事，但在事发前两天，忽然派人到南京向洪承畴告密。洪承畴立杀吴胜兆家眷，吴胜兆得知消息后，也杀死了杨之易等松江官员。然由于洪承畴已做好了应变准备，吴胜兆很快失败，谋事者均被逮捕处死。
洪承畴知道江南民心不服，“谋乘此尽除三吴知名之士”，大肆牵连，陈子龙更是首当其冲，清江宁将军巴山、操江都御史陈锦亲自带兵追捕。陈子龙辗转逃亡，终于于昆山被捕。清兵将他押到巴山、陈锦面前，陈子龙此时还留着长发，陈锦问道：“何不剃发？”陈子龙道：“吾唯留此发，以见先帝于地下也。”
清兵随即将陈子龙押送南京。途经松江跨塘桥时，陈子龙乘守者不备，纵身投河，清兵将其捞起时，其人已经自溺身死。清兵遂割下了陈子龙首级，再抛尸河中。次日，陈子龙门生王沄、轿夫吴酉等在毛竹港找到陈氏遗体，具棺安葬于陈氏坟地。
陈子龙曾与名妓柳如是相恋，二人相爱及分手，柳如是又嫁东林党魁钱谦益之故事，是彼时天下最热门的话题。当陈子龙举兵反清时，钱谦益已不顾柳如是阻拦，坚持投降了满清。时人有诗云：“钱公出处好胸襟，山斗才名天下闻。国破从新朝北阙，官高依旧老东林。”钱泳《履园丛话》评论道：“虞山钱受翁，才名满天下，而所欠唯一死，遂至骂名千载。”
历史习惯用道德尺度来丈量，似乎钱谦益必须自尽殉难才是利国利民。死亡只是有过的不再存在，人死其实十分简单，复杂的是为什么而死。对钱谦益而言，“死天下事易，成天下事难”，他亦用行动证明了这一点。
顺治四年（1647年），义士黄毓祺组织船只千艘，起兵舟山海上，谋复常州。钱谦益、柳如是冒着生命危险，至海上犒师。适逢飓风大作，战船大多被摧毁，黄毓祺亦险些溺死，事遂不成。钱谦益有《后秋兴》记录此事道：“闺阁心悬海字旗，每于方寻系欢悲。乍闻南国车攻日，正是西窗对局时。”
不久，黄毓祺被清军搜获，死于南京狱中。清廷查知钱谦益与黄毓祺有联系，下令逮捕他。正在病中的柳如是“蹶然而起，冒死从行”，跟随丈夫来到南京。此女自十余岁成名起，便令天下男子折服，拜倒于其石榴裙下的风流名士不计其数，此时已嫁为人妇，气度、手腕依然不容小觑。柳如是全力奔走后，耄耋之年的钱谦益从大狱中昂然走了出来，还得以全身而退。
黄毓祺案后，钱谦益在苏州拙政园居住了一段时间，随即返回家乡常熟，表面在黄毓祺绛云楼以藏书检校著述，暗中仍与西南和东南海上反清复明势力联络。
顺治六年（1649年），钱谦益写信给门生永历朝留守桂林大学士瞿式耜，称中原根本在江南，中兴基业之关键，是顺江而下，夺取江南。江南历为财赋重区，人才荟萃，若能先行收复江南，根本已固，财赋渐充，则可取得扭转战局的先机。为此，钱谦益静心策划了一个号称“楸枰三局”的行动计划——
此计划的核心，是联络西南永历、东南鲁王监国军队以及福建郑成功三方，共同出兵，以主力会师于长江，一举收复江南。
这本是一个相当高远的战略计划，瞿式耜曾当面向永历皇帝称赞钱谦益道：“盖谦益身在虏中，未尝须臾不念本朝，规划形势，了如指掌，绰有成算。”
结果却完全令人失望。除了明将定西侯张名振统率的鲁王监国军队乘海舟三次进入长江，第一次进抵镇江、瓜洲，第二次进至仪征，第三次直逼南京外，西南及福建的抗清主力均未出动，西南永历政权两位实权人物孙可望与李定国忽起内讧，几酿成大变。而福建郑成功本是大海盗之子，虽与钱谦益有师生之谊，却私心极重，只想守住自己的地盘，保存实力。他甚至失约于西宁王李定国，致使李定国孤军奋战，被清兵击败。
至顺治十五年（1658年），羽翼已成的郑成功终于同意钱谦益的请求，统率水陆军十七万，与浙东张煌言会师，大举北伐。然天公不作美，水师进入长江前，于羊山海域遭遇飓风，损失惨重，郑成功不得不暂时退回厦门。次年，郑成功再次率军北伐，会师张煌言部后，顺利进入长江。一路上清兵不堪一击，望风瓦解。在内地反清志士的引导和帮助下，郑成功军很快攻破瓜洲，并攻克了长江的重要门户镇江及其所属诸县。
六月二十六日，郑成功部前锋已至南京。七月十二日，郑成功亲自率领十余万大军，连营八十三处，将南京团团围困。一时间，战舰蔽江，声势惊人。
消息传到北京，顺治皇帝吓得六神无主，打算退位逃回关外，色厉内荏的本性暴露无遗。被母亲孝庄太后指着鼻子一番痛骂后，歇斯底里的顺治皇帝一怒之下拔剑砍碎御座，下令要御驾亲征。孝庄太后急忙派众大臣谏阻，顺治皇帝这才没有再闹。
十分可惜的是，郑成功围住南京后，自以为破城只在旦夕，没有积极进取，而是释戈开宴，纵情娱乐，致使战机延误，战事拖延了一月之久。
而困守南京的清两江总督[20] 郎廷佐一面假意向郑成功表示要投降，暗中却积极备战。七月二十三日，郑军将士上下张乐歌舞，饮酒卸甲，为郑成功庆祝生日。郎廷佐趁机派军出击，大败郑军。郑军溃退，郑成功立脚不稳，仓促退出长江，返回厦门。
至此，南明败局已定。密切关注时局的钱谦益又忆及当年“楸枰三局”，有诗道：“腐儒未谙楸枰谱，三局深惭厪帝思。”流露出无尽的怅惘和遗憾[21] 。
郑成功败出江南后，江南士民再一次受到满清的荼毒。清廷出动人马，在扬州、镇江、苏州、绍兴等地大肆逮捕曾经拥护和支持郑成功的人，数千人受到了牵连。这就是清初历史上十分有名的“通海案”。
被逮捕的江南士绅，情节严重的被斩首，如清苏松常镇提督马进宝曾多次与郑成功私通信息，被处死。又如浙江慈溪儒士魏耕在郑成功退出江南、张煌言孤军无援而陷入仓皇失措时，亲到张煌言军中劝其再接再厉、不要气馁，也被清廷杀害；情节轻的，也被发配宁古塔为流人。如前面提及的祁彪佳、商景兰次子祁班孙即受通海案牵连而远放宁古塔[22] ，长子祁理孙不久亦因此事郁郁而亡。
第六节 南北之争“南北之争”源自明朝。明朝末年，南方籍大臣和北方籍大臣党争十分严重，南方派系以江浙大臣为核心，北方派系则以山东籍高官为首。因南人多文采出众者，故崇祯一朝中南人占了上风。到清朝顺治年间，局面则完全反转了过来，以冯铨和刘正宗二人为例：
冯铨是顺天涿州人，刘正宗是山东安丘人，均是北方派系，曾备受南方大臣打压。明崇祯皇帝定逆案时，冯铨因曾依附谄事魏忠贤，被定为“魏忠贤党”，罪列第二，终崇祯一朝，未能得志。
“百代兴亡朝复暮，江风吹倒前朝树”。入清后，冯铨、刘正宗二人均凭手段当上了清廷的高官。冯铨善于揣摩执政者心意，摄政王多尔衮对其十分满意，令其入内院协理机务。刘正宗善写五言古诗，又写得一手好字，其书法号称“秀妙无伦”，因文章、诗词、歌赋出众，成为顺治皇帝的文墨挚友。顺治皇帝每得著名书画，必经刘正宗鉴别评定后才归御府收藏。顺治皇帝还常常将所得名人字画和自己作的字画及亲笔题字赐给刘正宗，御府图书题跋也多出自其手。
江山换了主人，大臣却还有不少是前朝旧臣，“南北各亲其亲，各友其友”，冯铨和刘正宗成为北方派系大臣的首脑人物，南北之争依旧在延续。不过清初的党争比明朝更要复杂，清廷不居中调和，反而借势利用，将其当作打压江南士人的工具。
冯铨及其党羽山东淄川人氏孙之獬是北京城最早剃发迎降的明臣，素为众人所不耻。以陈名夏[23] 、龚鼎孳[24] 为首的南方官员弹劾冯铨是前朝阉党余孽，曾在天启年间依附大宦官魏忠贤，这才得以爬到大学士之位。冯铨则反唇相讥，揭发龚鼎孳曾经投降过闯王李自成，“竟为北城御史”。
彼时摄政王多尔衮掌管朝政大权，当面问起龚鼎孳投降李自成一事是真是假，龚鼎孳竟然回答道：“岂止我龚鼎孳一人，何人不曾归顺？魏征亦曾归顺唐太宗。”气得多尔衮大骂说：“龚鼎孳自比魏征，而以李贼比唐太宗，可谓无耻！”
当时汉人高官如洪承畴等均是南方人，冯铨一度处在下风，但多尔衮权衡利弊后，公开支持了冯铨一派，不过也未贬斥南方籍大臣，表面上对南北两方的争斗采取了不偏不倚的态度，实则是支持冯铨。之所以如此，盖因满清以异族入主中原，对汉人士族十分警惕。多尔衮执政期间，一向对汉人大臣采取猜疑、压制的态度。南北党争中，南方大臣陈名夏、龚鼎孳均是声名远播的才子，而冯铨则名声很坏，多尔衮公然予以庇护，就是因为冯铨是最早剃发留辫的汉人大臣之一，远比陈名夏、龚鼎孳对满清更为忠心耿耿。
顺治七年（1650年），多尔衮死，清廷政治气候陡变。顺治皇帝亲政，立即一改多尔衮的政策，对笼络依靠汉人大臣表现出异乎寻常的热情。
顺治皇帝是满清入关后第一位统治中原的皇帝，他幼年即位，受到母亲孝庄太后的严格管教，而朝政大权长期为其叔摄政王多尔衮把持。顺治皇帝成了摆设不说，还不得不有意纵情于嬉戏游乐，以为韬晦之计，避免受到多尔衮的猜忌。在这样险恶政治环境下长大的顺治皇帝，心理极为扭曲压抑。多尔衮病死后，他终于取得了大权，立即表现出暴躁刻薄的性格，开始恣意妄为，完全凭自己的意志决定许多事情，全然不为大臣的意见所左右。
顺治九年（1652年）四月，顺治皇帝在一道谕旨中宣布，为防止诸王大臣因循怠玩，允许满汉官吏互相参劾对方的玩误之处。
次年六月二十七日，顺治又提出，内三院为机密重地，事务殷繁，应选举贤能之人任职，并特别指明每院应设汉官大学士二员。到顺治十一年（1654年），十七名大学士中只有两名满人，其余都是汉人大臣，直接参与了制定政策、发布政令等国家大事的处理。
顺治皇帝还突破了汉人大臣不得掌印的陈规。顺治十二年（1655年）八月，都察院署承政事固山额真卓罗奉命出征，顺治皇帝即命汉承政龚鼎孽掌管部院印信。之前，部院印务向来由满人大臣掌管，正官公出时，则由次官代理，从未有汉人掌管印信，以致龚鼎孽接到任命后吓得不轻，战战兢兢地上疏恳求撤去这一任命。但顺治皇帝未予接受，坚持要龚鼎孽接管印信。
表面上看起来，自顺治皇帝掌权，汉官的地位显著提高了，但起初不过是少年皇帝刻意要表现得与他所痛恨的多尔衮不同，之后则是为了统治的需要。在年轻皇帝的骨子里，对汉人大臣的戒备和警惕并未比多尔衮减轻多少。顺治登上皇帝之位并不是必然，而是多方政治势力复杂斗争和相互妥协的结果。他幼年即位后，都是其叔多尔衮在殿堂上发号施令。其母孝庄太后有男人的雄才大略，为了避免儿子受到多尔衮猜忌，多次教育顺治皇帝要韬光养晦，这样环境下长大的皇帝，心理压抑，脾气暴躁，性好猜忌，后来一旦掌权，则任性得一发不可收。他喜欢汉人服饰，喜欢汉人文学，也大力提拔汉人文士，但这并不代表他就此信任汉人。
然汉人大臣自以为得到皇帝宠幸，看不透此节。南方籍大臣陈名夏设法勾结部分满人贵族，专权至令朝野侧目。由于陈名夏、龚鼎孽等人在朝中得势，冯铨、刘正宗等北方派系大臣自然没有好日子过了，尤其是冯铨，基本上是在南方大臣的不断参劾中度日，弹劾冯铨竟然成了南北党争的中心内容。北方派系大臣对此极不甘心，时刻想予以反击。而靠谄媚侍奉当权者起家的冯铨，在政治风向上的把握，其实要远远强于风头正劲的陈名夏等人。
顺治十一年（1654年），刘正宗突然发难，弹劾南方派系首脑人物陈名夏，起源便是一套明朝的衣冠——
顺治皇帝喜欢汉式服装，经常在宫中穿戴明朝皇冠、皇袍，并对镜沾沾自喜，认为比满服强多了。当年二月，顺治皇帝一时兴起，将明朝朝服公然从内廷拿到内院，向群臣展示。有大臣为了迎合皇帝，连声说好，顺治皇帝也是一脸笑容，看上去很是满意。
陈名夏一时感慨，对内翰林国史院大学士宁完我道：“只须留头发、复衣冠，天下即太平矣！”
宁完我在努尔哈赤时便已经归降满清，闻言立即勾结陈名夏政敌北方系大臣，与刘正宗同时发难，参劾陈名夏“结党怀奸，情事叵测”，主要罪状有“倡复冠服，涂改诏旨，结党行私，循情纳贿，纵子肆虐”等。其中最核心的是陈名夏把“留头发，复衣冠”作为“第一要紧事”，声言是“天下太平”的关键，是以宽衣博带为名，行变清朝为明朝、“计弱我国”之实。
彼时正值南明张名振率水师活动于长江下游和入海口，甚至一度进逼南京，江南局势十分紧张。宁完我、刘正宗如此一番弹劾，陈名夏立时便有了反清复明的重大嫌疑。顺治皇帝十分重视，命令内三院、九卿、科道、詹事等官在午门外会同对陈名夏逐条审问，从重定罪。陈名夏在受审中据理反驳，刑部右给事中刘余谟、御史陈秉彝在旁为之竭力辩护，双方争执不下。在午门楼上暗中观察的顺治皇帝见此情景大为恼火，立即召见刘余谟、陈秉彝二人，大加训斥，并立即解职。最终，陈名夏被定罪，以弓弦绞杀于午门内的灵官寺，终年五十四岁。时人因而感慨说：“溧阳千磨百铄而不死，死之以弓弦。”
陈名夏被杀的引子是顺治皇帝喜欢明朝衣冠，被杀的原因是南方大臣党争失败，这不过是表面现象——
当时，南方战火纷纷，南明李定国正攻打广东，张名振活动于长江水域，沿海一带的郑成功也蠢蠢欲动，几方打算联合起来抗清作战，此即为前面提及的钱谦益所策划的“楸枰三局”。
在这样的局势下，陈名夏看到顺治皇帝喜欢明朝衣冠后，随口说了句“留头发，复衣冠，天下即太平”，便立即勾起了顺治皇帝深藏于心的警觉，杀机大现。实际上，陈名夏之死是顺治皇帝猜疑汉人大臣的一次公然展露。而在汉人大臣中，因南方陷落较晚，尤其是满清在江南遭到了激烈的抵抗，一手炮制了“扬州十日”“嘉定三屠”等诸多惨剧，深遭江南士民怀恨，因而较之北方大臣，满清朝廷对南方大臣更不放心。这就是为什么在清初多次南北党争中，北方派屹立不倒、南方派多遭惨败的根源。
搞垮陈名夏后，冯铨、刘正宗等北方大臣为了进一步铲除异己，纷纷出动，以陈名夏“亲戚”“党羽”的罪名弹劾了四十一名南方籍大臣，进一步火上浇油。一时间，南方大臣感觉大祸临头，人心惶惶。顺治皇帝为了稳定局势，不得不亲自出面警告冯铨，冯铨这才不敢再兴风作浪，这场大风波由此平息。
在此之前，顺治皇帝一再向天下人表白自己是以宽治政，还常常叹息昔日明太祖朱元璋诛戮大臣太为过分，但自陈名夏案发生后，他又得出了为政太宽“亦不可”的结论，并于五月以“任意结党营私”的罪名，将陈名夏的好友陈之遴[25] 发往盛京。不过顺治皇帝爱其才华，不久即复职。
陈名夏之死只是一个序幕，清廷从未对江南真正放心过，随后又有江南丁酉科场案，牵连了一大批江南名士。
第七节 江南丁酉科场案江南人杰地灵，素来为人文荟萃之地，才子名士层出不穷。明末清初之际，如号称“江左三大家”的钱谦益（号牧斋，娶秦淮名妓柳如是）、龚鼎孳（娶秦淮名妓顾眉）、吴伟业（号梅村，与秦淮名妓卞玉京有一段旷世情缘），复社公子侯方域（字朝宗，娶秦淮名妓李香君）、冒襄（字辟疆，娶秦淮名妓董小宛）、方以智、陈贞慧等，无一不是声动天下的名士。吴门诗人吴兆骞就出生在这样一个文风炽盛的地方。
吴兆骞，字汉槎，号季子，江苏吴江（今江苏吴江）人。少有俊才，成名很早，九岁时就写出了数千字的《胆赋》，十岁时写出《京都赋》，声震文坛。
才气纵横，又才名远播，养成了吴兆骞高傲狂放、愤世嫉俗的性情。他小时候在私塾读书，经常将同学的小帽子拿来当溺器小便。当先生责问时，他竟然回答说：“与其放在俗人头上，还不如拿来盛小便。”先生由此叹息道：“此子将来必以名大惹祸。”
吴兆骞却毫不以为然，非常自负地告诉好友汪钝道：“江东无我，卿当独秀。”非凡的自信和狂傲一览无遗。正因为他自少年时期起，便“为人简傲自负，不拘理法，不谐与俗”，因此乡里有不少人对他又嫉又恨。
吴兆骞曾随父亲宦游楚地四年，后因张献忠农民军起义烽火所及，奉母回到故乡。明朝灭亡后，吴兆骞遂归隐乡里，与江南士大夫互相唱和。大名士吴伟业对少年吴兆骞非常赏识，二人曾一同游历。
顺治六年（1649年），吴地成立了“慎交”“同声”二社，二社其实都是复社巨子陈子龙所创建畿社的分支。陈子龙抗清败亡后，畿社社事削弱，分出了“慎交”“同声”二社。吴兆骞与兄长吴兆宽、吴兆宫加入了慎交社。吴氏少年才俊，高谈雄辩，声望甚隆，被推举主持慎交社。当时名满江南的才子尤侗、计东、顾贞观[26] 等，亦加入了慎交社，成为社中重要人物。尤其是吴兆骞与顾贞观情投意合，二人结为生死之交。而后来吴兆骞罹难，顾贞观所表现出来的友情足以惊天地、泣鬼神。
由于各守门户，慎交、同声二社势同水火，积习很深。顺治十年（1653年），吴伟业即将出仕清廷，北赴京师前，他受钱谦益委托，出面调和社事。两社人马应吴伟业召集，在虎丘举行大会。九郡之人才齐聚虎丘广场，盛况空前。尤其是吴兆骞与吴伟业即席唱和，才华逼人，令吴伟业嗟叹不已，以为自己也不能及。一时间，吴下英俊都以结识吴兆骞为荣，时人将他和陈维崧、彭师度并称为“江左三凤”。吴伟业更是对宾客说：“江左三凤凰，阳羡有陈生，云间有彭郎，松林吴兆骞，才若云锦翔。”虎丘大会后，吴兆骞才名轰动一时，甚至传入了京师，“诸前辈巨公，恨不识吴生也”。可惜命运无常，这位文采风流的江南才子竟然离奇地卷入了丁酉江南科场案，从此被抛进了苦难的深渊。
自隋朝实行“科举取士”以来，科举制度在中国已经施行了一千多年，对中国社会和文化产生了巨大影响，成为封建社会选拔人才的最主要渠道，也成为历代封建王朝维护其统治长治久安的重要基础。
科举经过历代变迁，到明朝时已经形成了完备的考试制度，共分四级：
院试是各地考生参加县府的考试，由省提督学政莅临主持，及格者称生员，俗称秀才。
乡试是省一级的考试，每三年举行一次，逢子、午、卯、酉年举行，称为“大比”。如果赶上皇帝喜庆，也会下诏加开，称为“恩科”。考期一般在秋季八月，所以又称“秋闱”。主考、副主考均由朝廷临时选派。乡试中举，称为乙榜，又称桂榜。取中者称为举人，俗称孝廉，或称登贤书。考得第一名者，称解元。
会试在乡试次年举行，是中央一级的考试，由阁部大臣主持，每逢辰、戌、丑、未年举行，又称“春闱”。取中者为贡士，第一名称“会元”。
殿试则是皇帝亲自主持，分三甲出榜：一甲三名，分别称状元、榜眼、探花，赐进士及第；二甲若干，赐进士出身；三甲若干名，赐同进士出身。二、三甲第一名一般称为“传胪”。殿试只用来定出名次，能参加的贡士通常都能成为进士，不会再有落第的情况，并从此官服加身，荣耀无比。
顺治十四年（1657年）正月二十一日，新年伊始，二十岁的顺治皇帝突然发布了一道谕旨，内容并非军国大事，而是限制八旗子弟参加科举考试。这道谕令刚好在大比之年伊始发布，显然有着特别的意义。
满清以武功定天下，素来崇尚“国语（意为满语）骑射”的国策。凡八旗子弟，上自皇帝，下到八旗幼童，从一出生就要开始进行“国语骑射”的教育和考核，直到花甲之年才得终止。但自清廷入关后，局面开始有所改变，八旗子弟发现一旦科举考中，既可以立即升用，得到优厚的俸禄，又可以免去从军之苦役，于是开始崇尚文学，热衷于科举。顺治皇帝对此十分忧虑，多次强调说：“我朝以武功开国，频命征讨不臣，所至克捷，皆恃骑射，今天下一统，勿以太平而忘武备，尚其益习弓马，务选精良。”但仍然不能阻止八旗子弟崇文怠武，以致顺治皇帝不得不以谕旨来强行限制。此则故事固然是出于满清“以武定国”的传统，却也说明了在金榜题名后风光荣耀和高官厚禄的诱惑下，科考给人带来的诱惑何等之大，就连八旗子弟也不能抗拒。
这道谕旨的背后还透露出一点，那就是科举名额十分有限，满清皇帝希望将这些为数不多的名额留给汉人，以此笼络人心。正因为科举从来就是一座独木桥，参试的人数远远大于被录取的人数，时刻要面对僧多粥少的局面。在中国这样一个政治早熟的国家，科举自存在之日起，就与弄虚作假、营私舞弊联系到了一起。而统治者为了维护形象，选拔出真才实学的人才，也制定各种考场规则，全力采取措施确保考试的公正性和录取的公平性。这样，一方面是花样形式不断翻新的作弊手段；另一方面却是日益严格的考试纪律和严厉残酷的惩戒措施，由此形成中国历史上一道奇异的风景线。
丁酉乡试就是在这样的背景下拉开了序幕。少年天子顺治皇帝由于刚刚顺利册封红粉知己董鄂妃为皇贵妃，心情大好，突然决定有所作为，要对科举加以整饬。丁酉的前一科，顺治十一年（1654年）的甲午，人称“甲午一榜无不以关节得倖，于是阴躁者走北如鹜，各入成均，若倾江南而去之矣”，顺治皇帝有所察觉警惕，因而不但在选派主考官上格外费心，还事先对考官们告诫说：“考官阅卷有弊者，杀无赦！”语气十分严厉。然而，科场积弊由来已久，似乎谁也没有太把年轻皇帝的话当回事。
在各省乡试中，顺天闱[27] 为北方最重，江南闱则为南方最重，二省录取举人的名额也是高居前两位。顺天闱之所以排在第一，不过是“天子脚下”的首善之区，沾了京师和皇帝的光。而江南闱能排在第二，则全靠地域人文荟萃、真枪实弹的本事了。江南多名士，江南闱也素来被认为是国家选拔人才最关紧要的所在，因而所选派的考官，特别慎重。当年，方猷、钱开宗被选为江南科场主、副考官。顺治皇帝寄予厚望，临行前特意召见，要方、钱二人敬慎秉公，并警告说倘所行不正，绝不轻恕。然科场积弊已深，之前的处罚又轻微有限，加上汉官素来有欺负满人不通翰墨之心，方猷、钱开宗并没有太将顺治皇帝的话放在心上。
到了江南科场南京后，主考官方猷、钱开宗自以为天高皇帝远，早就将顺治皇帝的提醒忘到了九霄云外，大肆徇私舞弊。榜发后，取中者颇多富贵人家子弟。士论大哗，愤愤不平者大有人在。有人写文章怒骂，将主考官骂得不亦乐乎。还有人写诗嘲讽道：“孔方主试合钱神，题目先论富与贫。金陵自古称金穴，白下于今中白丁。”
不过，影响最大的还是南京书肆刚刚刊刻发行的《万金记》一书，万是方猷的“方”字去一点，金字则为钱开宗的“钱”字的一半，“万金”二字即是影射方猷、钱开宗两主考的姓。书中揭露了主考官行贿通贿的情形，历历如绘，只是隐去了当事人姓名。
另外还有一出名叫《钧天乐》的杂剧，也是写科场故事，分上、下两本。上本写文才出众的沈子虚，应试落第，而不学无术的贾斯文等，却因财势而得中式。主考名叫胡图，是“糊涂”的谐音；三鼎甲名叫贾斯文、程不证、魏无知，谐音分别为“假斯文”“真不正”“鬼无知”。剧本中有一首《黄莺儿》词：“命意在题中，轻贫士，重富翁。诗云子曰全无用，切磋欠工，往来要通，其斯之谓方能中，告诸公，方人子贡（孔子弟子，以善于营财著称），原是货殖家风。”淋漓尽致地揭发了主考官纳贿作弊的行为。下本写天界考试真才，沈子虚遂中状元，并得夫妻团圆，表现了作者的幻想。
此剧刚好写成于江南闱发榜后，时人均疑影射科场，每每演出，“观者如堵墙，靡不咋舌骇叹”“吴中好事者传为美谈”。
方猷、钱开宗二人离开江南回京师，路过常州和苏州时，一路有人都随舟唾骂，甚至投掷砖石，吓得二人一路都躲在舱中。来时前呼后拥，无比风光；去时却是藏头缩尾，丝毫不敢抛头露面，可谓对比鲜明。
不巧的是，当年顺天科场亦有重大舞弊事件，被人揭发后，同考官[28] 李振邺等人被处极刑，且株连极广，顺治皇帝正处于盛怒之中。既然江南亦有种种舞弊传闻，朝中以刘正宗为首的北方籍大臣决定充分利用此大好机会，以达到“荼毒南士”的目的。
经过一番周密策划后，顺治十四年（1657年）十一月二十五日，工科给事中阴应节（山西洪洞人）上疏参奏道：“江南主考方猷等弊窦多端，发榜后，士子愤其不公，哭文庙、殴簾官，物议沸腾。”
阴应节还举出了此事中趁机滋弊、冒滥贤书的典型：少詹事方拱乾第五子方章钺因与方猷联宗，而被取为举人。
方章钺出身海内著名世家桐城（今安徽）方氏。方氏号称“江东华胄第一”，门中数代科第仕履繁盛，声名显赫。方章钺本人也是江南有名的才子，以他的文章才华，不中举才是咄咄怪事。但阴应节有意选中方章钺为箭靶弹劾，其实是将目标对准了方章钺的背后——其在朝为官的父亲方拱乾（时任詹事）和兄长方玄成（后因避康熙名玄烨改名方孝标，时任内弘文院侍读学士）、方亨咸（时任监察御史）、方膏茂几人。
方拱乾初名策若，字肃之，号坦庵。少年聪颖，七岁已经“能属诗文”，二十岁时，诗文为世人称许，与同乡姚孙森等五人并称为“六骏”。崇祯元年（1628年）中进士，授官庶常。后以翰林身份任东宫（太子）讲官。明朝灭亡后，方拱乾先是被攻入北京的李自成大顺军俘虏，受到酷刑折磨，后以行贿得免。清军入山海关，李自成弃北京退往山西，方拱乾乘乱南归。顺治十一年（1654年），因两江总督马国柱等人推荐，方拱乾被清廷起用，初为内翰林秘书院侍讲学士，后升詹事府右少詹事，兼内翰林国史院侍读学士。
明末清初，桐城方氏享大名者，莫过于方拱乾父子。方拱乾有六子，依次为玄成（顺治六年进士）、亨咸（顺治四年进士）、育盛（顺治十一年中举）、膏茂（举人出身）、章钺、奕箴。方氏取名有一原则，即所谓的“文头武尾”——第一字以一点一画起笔，第二字以斜钩收尾。其时，方氏父子文名震动天下，长子方玄成更是成为顺治皇帝身边极见宠信的文学侍从之臣，深遭北方大臣忌恨。而方拱乾早前曾在“南太子案”中得罪过北方系首脑人物刘正宗，刘正宗恨之入骨，一直要找机会报复[29] 。
顺治皇帝当时正为顺天科场案而恼火，接到阴应节的奏疏后，霍然震怒，立即召来方玄成询问究竟。往昔顺治皇帝对方玄成优渥眷顾，都是亲切地称呼其号“楼冈”，从不直呼其名，还经常说“方学士面冷，可作吏部尚书”，此刻却是翻脸无情，声色俱厉。
方玄成如实告诉皇帝说：他们方家出自安徽桐城，已历数世，而江南主考方猷是浙江人，从未同宗，他弟弟方章钺根本不在回避之列。事情显而易见，阴应节是诬奏之词。
顺治皇帝这才颜色稍缓，但又口气严厉地道：“此案既然要从严办理，方章钺亦不能例外。”
方玄成深知伴君如伴虎的道理，何况天子正在气头上，因而除了附和外，别的话再不敢多说。
之后，顺治皇帝派人暗中打听江南闱详情，试图自己弄清楚真相。受派出宫的太监竟找来了《万金记》和《钧天乐》的刊刻本，作为江南科场内有隐情的证据。顺治皇帝看过后，本来还对其中情节半信半疑，但听说《钧天乐》是尤侗所写后，立即转变了态度。
尤侗字展成，号西堂，江苏长洲（今江苏苏州）人。少有神童之誉。后加入吴兆骞主盟的慎交社，遍交江南名士。他的诗写得情真性灵，且在文体上有极大的开拓性和创造性，被吴伟业称为“骚坛盟主”，时人比之为李白。
尤侗有一篇写西厢《临去秋波那一转》的时文，深为顺治皇帝赏识。顺治皇帝曾多次向身边人称赞尤侗，说他是“真才子”“极善作文字”，还将尤侗极富文采的《讨蚤檄》一文展示给翰林院学士们说：“此奇文也。”
在这样的背景下，顺治皇帝完全相信《钧天乐》中所描述的科场弊端情形是事实。他因而下定了决心，一定要严办，一道上谕颁行江南：“据奏南闱情弊多端，物议沸腾，方猷等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶。方猷、钱开宗并同考试官，俱着革职，并中试举人方章钺、刑部差员役速拿来京，严行详审。本内所参事情及闱中一切弊窦，着郎廷佐（时任两江总督，两江即江南、江西两省）速行严查明白，将人犯拿解刑部。方拱乾着明白回奏。”
主考官方猷、钱开宗当时已经回到北京，立即被革职下狱，等待调查。同考官李上林、商显仁、叶楚槐、钱文灿等人是来自浙江各县的举人以及进士出身的知县，也同时被革职，导致相关县地的衙门为之一空。
两江总督郎廷佐接到圣旨后自然不敢怠慢，连同漕运总督亢得时，迅速展开了调查。又听说京城同考官李振邺等人已经因为顺天科场舞弊案掉了脑袋，更加惶恐不安，唯恐祸及己身。在这样的前提下，郎廷佐能查到事实真相还好，查不到事实真相势必找出几个替罪羊来。
詹事方拱乾无辜受此牵连，倒也没有惊慌，因为他自己很清楚，阴应节的奏疏不过是凭白诬陷之词，因此明白地声辩道：“臣籍江南，与主考方猷从未同宗，故臣子章钺不在回避之例，有丁亥、己酉、甲午三科齿录可据。”
方拱乾父子作为壮年新进的书生，不仅对党争的残酷性知之不深，对当时的时局也没有清醒的认识——
江南闱案发时，南方尚不稳定，沿海郑成功、张煌言等抗清势力依旧活跃，而江南士子与他们有着盘根错节、千丝万缕的联系。在这样的背景下，无论顺治皇帝之前是何等欣赏方拱乾、方玄成父子的文学才华，只要有更大的利益可图，一时的优遇瞬间就能化作尘土。正因为如此，尽管方拱乾有凭有据作了辩白，但其子方章钺还是立即被刑部逮捕，锁链加身，从江南踏上了前往京师受审的路途。
其实到了这个时候，人们应该已经可以看到，无论江南新进举人是不是真的作弊，部分人的结局必将是悲惨的。江南历来为财赋重区，“江南安，天下皆安；江南危，天下皆危”。尤其是清朝初年，天下甫定，皇帝需要严厉惩治、杀一儆百，一是警告那些敢与抗清势力有关联的江南人士，二是警示、驯服所有的汉族士子。刚好，北方大臣刘正宗发动的新一轮毒害南方士子的党争完全遂了他的心愿。
转眼到了顺治十五年（1658年），先是正月十五日顺治皇帝亲自主持顺天闱中举考生复试，取中一百八十二名，只有八人因文理不通被革去举人。正月二十四日，顺治皇帝最宠爱的董鄂妃所生皇四子病死，出生不足百日，连名字都还没有来得及取。眼见爱妃董鄂妃悲痛欲绝，皇帝的目光一下子变得呆滞了许多。
到了二月，朝廷大员陈之遴等人结交通贿大太监吴良辅（在协助顺治皇帝肃清多尔衮亲党势力的过程中起了重要作用）东窗事发。顺治皇帝鉴于明朝太监擅权亡国教训，曾设立铁牌，宣称太监如有犯法干政、窃权纳贿、嘱托内外衙门、交结满汉官员、越分擅奏处事、上言官吏贤否者，即行凌迟处死，绝不姑贷。陈之遴因此被立即革职，家产籍没，与父母、兄弟、妻子一起被流放盛京，之后死在戍所。而吴良辅作为此案的核心人物，犯了太监干政的大忌，不但受到顺治皇帝庇护，没有被凌迟处死，还恩宠不衰，继续作威作福，后来更是作为心腹代替顺治皇帝出家为僧。由此可见，南方大臣陈之遴的倒台不过是一场有计划的阴谋，既是北方大臣刘正宗等人从中推波助澜，也有顺治皇帝本人的意愿在其中。陈之遴走了，朝廷再没有人能出面为南方士子说话。
就在这个时候，掌河南道御史上官（崇祯十六年进士，山西翼城人。《清史稿》中记为上官铉，实为误作）奏参江南同考官舒城县知县龚勋出考场后曾被考生羞辱，事情可疑。又上奏说：“江南新榜举人，啧有烦言，应照京闱事例，请皇上钦定试期，亲加覆试。”
顺治皇帝立即批准，打算复试江南举人。但此时参加江南乡试的举子大多已经回乡，于是各府县出动人马，到处拘索，扰攘四方，动静极大，很是费了一番功夫。这些已经金榜题名江南举子，“师生牵连就逮，或就立械，或于数千里外锒铛提锁”，刚刚还志得意满，转瞬天降横祸，“家业化为灰尘，妻子流离”。
这批命运多舛的举子中，就有之前提到的江南才子吴兆骞。他跟方章钺一样，参加了顺治十四年丁酉科江南闱乡试，并顺利中举。本来江南闱发榜后，满城风雨，关于主考官通同作弊的谣言满天飞，一些考生还趁机闹事，但吴兆骞本人自负才高，兼之顺利登榜，也没有太把这些流言当回事。倒是他的好友尤侗愤愤不平，写了一出《钧天乐》的杂剧，影响极大，连远在京城的顺治皇帝都找来《钧天乐》的刊刻本认认真真地读了。后来方章钺被刑部派员役逮往京师，吴兆骞一度忧心忡忡，但那也是出于对朋友的关切，完全没有想到自己也会卷入其中。因而，当如狼似虎的官差来逮捕他时，虽是复试的名义，他却不由得不惶惶然了。
由于顺治皇帝要亲自复试，江南举人都要被押往京师，吴兆骞也在被押送北上之列。此时正是初春季节，草长莺飞，尤其对从未到过北方的吴兆骞来说，是难得的经历。可惜，在刀棍之下，前途未卜，再美的风景也无心欣赏。
途中，吴兆骞写了一首诗：“自许文章堪报主，哪知罗网已摧肝。冤如精卫悲难尽，哀比啼鹃血未干。”语调委屈凄楚，怅恨报主无门。正是因为这首诗，吴兆骞的人格后来受到了怀疑。
江南举子到达京师时，两江总督郎廷佐的调查结果也出来了，一共举报了八名举子“显有情弊”，其中包括方章钺在内，不过并没有吴兆骞。顺治皇帝立即下命逮捕这八人。但有个名叫程度渊（出自著名的安徽徽州歙县槐塘程氏，程氏既是当地望族，也是富甲一方的盐商）的举子在逃，大概是确实有作弊事实，情知不妙，已经抢先逃走。
三月，顺治亲自在瀛台复试江南举人，皇帝亲出的考题就叫《瀛台赋》。瀛台位于西苑中海之中，明朝时称南台，清朝顺治时因其三面临水，如海中仙岛，改称瀛台。此处波光荡漾，垂柳依依，风光迷人。然而，参加复试的举子却一个个失魂落魄、战战兢兢。
也难怪如此，复试的环境极好，复试的氛围却极度压抑。清人李延年在《鹤微录》中描述说：“试官罗列侦视，堂下列武士，锒铛而外，黄铜夹棍，腰市之刀，悉森布焉。”而每名举子身边还各有两名护军监视，持刀相向，如临大敌。这哪里是复试的样子，分明是要兴师问罪，是以与试的举人无不吓得“栗栗危惧”。
瀛台复试结果，武进举人吴鸣珂成绩优异，被取为第一名（解元），准予参加当年的会试；汪溥勋等七十四人通过考试，仍准做举人，但不得参与本科会试；史继佚等二十四名，也算通过考试，准做举人，但“罚停会试两科”，要到六年以后才能再次参加会试；方域等十四人因文理不通被革去举人功名。诗名本已传遍京城的吴兆骞则再次声震京师，这次不是因为他的才华，而是因为他竟然在瀛台复试中交了一张白卷。
关于惊才绝艳的江南名士吴兆骞为何会交白卷，时人说法颇多。有人说吴兆骞恃才傲物，不满清廷所为，不愿意在刀棍威逼下为文，故意如此。还有人说吴兆骞并没有那份傲骨，他其实是真的被吓倒了，所谓“书生胆小当前破”，刀枪环顾下，惊魂不定，“战栗不能握笔”。无论如何，一张白卷，令吴兆骞被认定当初乡试时有请托作弊的嫌疑，迅即“享受”到与方章钺等八名被举报有作弊行为的举子同等待遇，被逮捕下狱，交给刑部审讯。
江南闱科场案的相关案犯，两名主考官方猷、钱开宗自然脱不了干系。尤其是二人在离开京师前，顺治皇帝亲自召见叮嘱，还弄出了这样满城风雨的事，死刑肯定是避免不了的。另外包括方章钺在内的七名举人（程度渊在逃），有两江总督郎廷佐的调查报告，当然也是难逃处罚。剩下比较难办的是吴兆骞，他被逮捕下狱是因为在瀛台复试时交了白卷，按理该与另外十四名文理不通的考生一样，革去举人功名完事，不必再单独立案审讯。然而他当场交了白卷，大大激怒了更年轻也更气盛的顺治皇帝，要深究之前南京乡试时有没有通弊嫌疑。问题是这位吴兆骞是名满天下的才子，任谁都不会怀疑他会靠作弊中举。最初，人人都以为吴兆骞最多不过被除名，最后还是无罪释放，但偏偏有好事之徒在这个时候踩了他一脚。
之前曾经提及江南有慎交社和同声社门户恩怨之争，主持慎交社的吴兆骞曾与同声社重要成员王长发有隙，王长发见吴兆骞被逮，趁机落井下石，挟嫌诬告。这就是后来吴兆骞父吴晋锡所说的“不意仇人一纸谤书，遂使天下才人，忽罹奇祸，投荒万里，骨肉分离”，以及吴兆骞子吴桭臣所称的“讵知变起萧墙，以风影之谈，横被诬陷，致使家门倾覆，颠沛流离”。当时得宠的北方大臣刘正宗“与慎交水火”，也趁机在其中兴风作浪。不过，尽管有王长发的告状，有刘正宗的暗中支持，刑部审到最后，结论还是“审无情弊”，于是将吴兆骞与之前被告有通弊的七名举人关在一起，打算最后革除功名了事。
顺治十五年（1658年）十一月，距离江南乡试作弊案案发一年后，刑部将审实的结果上报顺治皇帝，奏请将正主考方猷斩首，副主考钱开宗处以绞刑，同考官叶楚槐等人流配尚阳堡，被告八名举人并吴兆骞革去举人功名。
不料顺治皇帝看到结果后大发雷霆，不但下旨将两位主考立即正法，而且将该场乡试所有同考官共十八人（其中卢铸鼎已死）均处绞刑，妻子家产抄没入官。已经死去的同考官卢铸鼎也没有放过，其妻子家产也籍没入官。同时将方章钺、吴兆骞等八人革去举人，责打四十大板后，流徙宁古塔，不但家产俱籍没，父母、兄弟、妻子也令流徙宁古塔。
对于在逃的举人程度渊，顺治皇帝也不能容忍有漏网之鱼，责成两江总督郎廷佐和漕运总督亢得时尽快抓捕程度渊，倘若抓不到，郎廷佐和亢得时二人就有受贿作弊、有意买放的嫌疑，必须受罚。
此谕一下，郎廷佐、亢得时后悔不该报上在逃的程度渊之名，但事已至此，只得出动兵马，全力缉捕了。程度渊后来被抓获，也一样被流放。
顺治皇帝突然一反常态，如此苛刻严厉，这其中自然有深刻的背景——
其时，抗清势力郑成功在厦门大练水军，活动频繁，隐隐有北上之意。而江南不少反清志士闻风而动，大有里应外合之势。这还只是外忧。
其内，红颜知己董鄂妃一病不起，尽管顺治皇帝多方抚慰，承诺一旦董鄂妃再生一子，一定立其为太子，但董鄂妃的病情还是一日一日地沉重。而最令顺治皇帝烦躁的还是宫中四处充满了幸灾乐祸且不怀好意的目光，包括他的母亲孝庄太后在内。
在内外交困的处境下，内心虚弱的顺治皇帝决意大开杀戒，拿江南科考案来立威。不仅相关案犯受到了严厉处罚，刑部尚书图海、白元谦，侍郎吴喇禅、杜立德等人也被顺治皇帝迁怒，被认为审理江南科考案玩忽职守，冠以“谳狱疏忽”的罪名，予以革职或降级的处分。
至此，这桩轰动一时的江南科场案，在涉及南北党争、江南社事之争、满清有意打压江南士子、兼之宫廷内部争斗的复杂背景下，最终以许多人的家破人亡落下了帷幕。
但风波还没有就此结束，南北闱科考案案发后，弹劾考官成为时髦的举动。刑科给事中朱绍凤弹劾河南正副主考黄 、丁澎用墨笔填改考生笔迹，违反了考场规定。礼部也发现山东同考官袁英等人违犯成例而提出纠举，有举报陕西考官唐赓尧批改试卷时也有违法行为。对这些官员，顺治皇帝只是给予了革职的处理，没有牵连其家属，更足以证明其在江南科场案中大举屠刀，是刻意针对江南士子。
顺治十六年（1659年）闰三月初三，吴兆骞、方章钺以及父亲方拱乾、兄长方玄成等一干人被同时押送起行，由此踏上了前往流放地宁古塔的艰难历程[30] 。
宁古塔比之前顺天科考案犯的流放地尚阳堡更远。尚阳堡（一作上阳堡）在今辽宁开原县东四十里，满语称为台尼堪（“尼堪”是满人对汉人的称谓）。宁古塔在今黑龙江宁安县内，清初其地尚未开化，行人皆视为畏途。罪犯徙居尚阳堡，犹有屋宇可居，至者尚得活命。而徙居宁古塔的罪犯，有的走至半路即为虎狼所食，或为野人所吃，得生者甚少。当时，只有谋逆大罪中的相关人犯才流徙宁古塔。可以说，被判流放宁古塔，就相当于被判了死刑。正因为如此，江南士林魁首吴伟业听说吴兆骞被流放宁古塔后，自知再无相见之日，写下了一首堪称绝唱的《悲歌赠吴季子》：人生千里与万里，黯然销魂别而已；君独何为至于此？山非山兮水非水，生非生兮死非死！十三学经并学史，生在江南长纨绮，词赋翩翩众莫比，白璧青蝇见排诋。一朝束缚去，上书难自理，绝塞千里断行李，送吏泪不止。流人复何倚！彼尚愁不归，我行定已矣！八月龙沙雪花起，橐驼垂腰马没耳，白骨皑皑经战垒。黑河无船渡者几？前忧猛虎后苍兕，土穴偷生若蝼蚁。大鱼如山不见尾，张鬐为风沫为雨，日月倒行入海底，白昼相逢半人鬼。噫嘻乎悲哉！生男聪明慎莫喜，仓颉夜哭良有以，受患只从读书始！君不见，吴季子。
吴季子即吴兆骞。吴伟业为人谨小慎微，一向很少出言过激，但此诗不但对吴兆骞寄予了深切的同情，还饱含悲愤之情，寓意极深——可以说，吴伟业已经看清了清廷大兴科场案的真正用意。
按照顺治皇帝的谕旨，吴兆骞的父母、兄弟、妻子都该受到牵连，被一同流放。但朝中尚有不少人同情吴兆骞的遭遇，设法为他开脱，因而他的父母和两个哥哥都得以留在关内，其妻葛采真也被允许暂缓出关。这也算不幸中的大幸。而方章钺一家数十口人（方章钺出塞时，幼弟方奕箴因年少免于出塞，三哥方育盛与四哥方膏茂是于次年夏始抵宁古塔），均受到牵连，一同被流放。
吴兆骞因“审无情弊”遭此大罪，可谓“前无古人，后无来者”。平白遭此大祸的他心情奇差，这可以从他《出关》一诗中窥出一斑。
边楼回首削嶙峋，筚篥喧喧驿骑尘。敢望余生还故国，独怜多难累衰亲。云阴不散黄龙雪，柳色初开紫塞春。姜女石前频驻马，傍关犹是汉家人。
一行人三月出发，当年七月十一日才抵达极北苦寒之宁古塔。有种说法，此地即为昔日宋徽宗、宋钦宗被囚禁的五国城。这里没有房屋庐舍，当地人都是掘地为屋居住。且天气极为严寒，寒风如刀，一直要到五月，地面才解冻可锄，须立即种下蔬菜，六月、七月便要采食，不然一到白露即枯，到寒露时节，根都要烂腐。
刚到宁古塔之时，吴兆骞身无分文，生活异常艰辛。他经常独坐柴门，用斧子敲击冰块，然后用冰水煮稗子而食。幸好得到狱友方拱乾的关照，“解衣推食，得免饥寒”。吴兆骞由此与方拱乾父子成为患难之交，经常“商榷图史，酬唱诗歌”，“谈诗论史，每至夜分”。这些所谓的流人写下了大量诗歌，成为黑龙江地区最早的诗集之一。
就在吴兆骞、方章钺被押往宁古塔之时，南方时局发生了重大变化。顺治十六年（1659年）六月，郑成功称招讨大元帅，率十七万水路大军在崇明岛登陆，开始北伐。郑军一路势如破竹，接连攻克镇江、瓜洲，接连取得定海关战役、瓜洲战役、镇江战役的胜利，直抵南京城下。另一路人马张煌言部亦收复芜湖一带十数府县，一时江南震动。然胜利在望之时，郑成功中清军缓兵之计，意外遭到清军突袭，致使郑军大败，损兵折将，不得不全军退回厦门。
郑成功败出江南后，江南士民再一次受到满清的荼毒。清廷出动人马，在扬州、镇江、苏州、绍兴等地大肆逮捕曾经拥护和支持郑成功的人，数千人受到了牵连。这就是清初历史上十分有名的“通海案”。被逮捕的江南士绅，情节严重的被斩首，如清苏松常镇提督马进宝曾多次与郑成功私通信息，被处死。又如浙江慈溪儒士魏耕在郑成功退出江南、张煌言孤军无援而陷入仓皇失措时，亲到张煌言军中劝其再接再厉、不要气馁，也被清廷杀害；情节轻的，也被发配宁古塔为流人。
可叹的是，正是这些流人一手创建的“流人文化”代表了清朝的关东文化。宁古塔是满清入关前后黑龙江一带的政治和经济中心，但文化贫乏落后，到顺治十二年（1655年）时，此地汉人稀少，也很少能看到书籍。后来满清大量发配汉人到此为奴，流人们带来了大量书籍和中原文化，一度沉寂而荒凉的宁古塔变得活跃起来。在流人中，文学成就最高的公推为吴兆骞。他的《秋笳集》《归来草堂尺牍》等，在流人文化中占有主要地位。
流人们还留下了大量珍贵文献。吴兆骞到宁古塔不久，便与方拱乾联袂同游“东京城”（渤海国上京龙泉府遗址）。吴兆骞曾写《天东小纪》一文，方拱乾则写有《游东京旧址》等诗，记述宁古塔风物、古迹以及所闻所见，成为宝贵的史料。方拱乾后来根据其在宁古塔的见闻，写成《宁古塔志》（又名《绝域纪略》）一书。其中分流传、天时、土地、宫室、树畜、风俗、饮食等部分，是黑龙江第一部风物志。顺治十七年（1660年）八月十九日，正值满清在江南大兴“海狱”之时，董鄂妃病死。顺治皇帝痛不欲生，开始沉迷于释道。当年九月，他请僧人茆溪森为其净发，决心披缁山林。孝庄太后屡劝不止，以烧死茆溪森为威胁，才迫使顺治皇帝打消了出家的念头。一场闹剧就此收场。但顺治皇帝出家之心依然不死，又改派亲信太监吴良辅代替自己出家。
三个月后，顺治十八年（1661年）正月初七，顺治皇帝因染上天花病死于养心殿。因事出突然，民间多怀疑皇帝并没有死，而是到五台山出了家。时年八岁的皇三子玄烨即位，是为康熙皇帝，并颁诏大赦天下。
大赦令下后，被流放的盐商之子程度渊由于在京师认捐钟鼓楼，获准返回了江南。方拱乾也设法筹集了一笔钱，认修京师前门城楼工程，于是一家人就此赎归赦还[31] 。
方家人走后，吴兆骞的生活更加孤苦艰难。他感慨自己的身世，写下“寄羁臣之幽愤，写逐客之飘零”之句，由此更加思念江南的故乡，殊不知道江南已经今非昔比，物是人非。鳌拜等满清顾命大臣崇尚武治，对江南士民的态度较之顺治皇帝更为激烈。
先是顺治十八年（1661年）春，庄廷私著明史案发。庄廷，浙江乌程（今湖州市）南浔镇人，出身一个巨富而知书的家庭。入清以后，庄廷趁明天启朝大学士朱国桢一门败落之际，以银千两将朱国桢生前所撰明史稿本购得，并广聘名士，增补天启、崇祯两朝史事，辑成《明史辑略》，未及刻印而庄廷就于顺治十二年病故。其父庄允城费时五年，于顺治十七年冬将书刻成，刊行于世。
由于书中有诋毁贬斥满清的文字，如称清太祖为建州都督，直呼努尔哈赤；再如自天命至崇德皆不书其年号，相反于南明隆武、永历则大书特书等，因而书刊行后，不断遭好事之徒的恐吓，借以勒索钱财。
当时归安县知县吴之荣罢官居家，欲通过索诈而偿还八万两赃款以复官。事情不成后，他便指使前任浙江粮道李廷枢向湖州知府陈永命告发此事。不料，陈永命早已接受了庄允城数千金的贿赂，拒不审理。吴之荣恼羞成怒下，将购得的初刊本呈交法司。
清廷得悉消息后，遂兴大狱。凡刊刻、参校、藏书、售书者，以及失职之官吏，均株连治罪。此案牵连极广，直至康熙二年（1663年）才最后了结。
一波未平，一波又起。顺治十八年（1661年）六月初三日，江南“奏销案”起。
满清南下时，在江南遭到过激烈的抵抗，是以对江南之地征收的赋税格外重，以苏州、松江等府为最。即使是鱼米之乡，也经不起苛捐杂税的反复折腾，因此往往是旧赋未清，而新赋已近。仅两江总督郎廷佐上任后，在校阅赋籍时，发现江南自顺治八年至十三年积欠钱粮已经多达四百余万。但清朝廷因战事频仍，财政窘急，多次严催征积欠之令。
江苏巡抚[32] 朱国治为了逃避责任，造了一份名册，上面列着苏州、松江、常州、镇江四府和溧阳县绅钤之“抗粮”不交者一万三千五百余人，衙役人等二百五十四名，要求朝廷按名单严提究拟。
清廷看到名册后，批示道：“绅钤抗粮，殊为可恶。”经刑部察议后，决定现任官降二级调用，士绅黜革，衙役照章治罪。
于是，四府一县之士绅被黜籍者达万余人，被逮者也有三千人，得免者寥寥无几。整个江南为之震动。顺治十六年（1659年）的进士第三名（探花）叶方霭[33] ，仅因欠银一厘即被黜免，因此民间有“探花不值一文钱”的说法。
但久居关外的吴兆骞并不知道这些。他久戍思归，也渴望能够像方家人一样用钱赎归，但一来赎归要等机会，二来他被流放前，家产已经全被抄没，彻底破产，要筹到巨钱，实在是难事。幸好到了康熙二年（1663年），吴妻葛采真和妹妹吴文柔从苏州千里迢迢赶到关外探亲，带来极大的安慰。葛采真来时“携来二三婢仆，并小有资斧”，吴兆骞的生活这才稍有改善。
次年，葛采真生下一子，取名吴桭臣。有了自己的孩子后，吴兆骞得到了启示，他开始了授徒生涯，专教那些流人子弟读书写字，并与后来发配到宁古塔的张缙彦[34] 等人结成“七子之会”，吟诗作对，互相唱和，穷困愁苦的生活“亦饶有佳况”。吴兆骞在宁古塔的名气越来越大，不少当地少数民族子弟也赶来向他求学。当地人懂得了读书的好处后，开始以文人为贵，对流放的监生、生员统称为“官人”；见到流人，凡骑马者必下马，行路的则滚道边，不荷戈的老人则匍匐在地，等流人过去才起身行走，表现出相当的尊重。
康熙十三年（1674年）秋，清巴海将军聘请吴兆骞为书记兼教席（家庭教师），负责教其两子读书。吴兆骞虽是奴隶身份，巴海却“待师之礼甚隆，馆金三十两”，且“每赠裘御寒”。因为巴海的关系，吴兆骞跟当地满人官员副都统安珠湖，参领萨布素、穆参领、阿佐领等都交上了朋友。
朝鲜节度使李云龙曾经因兵事路过宁古塔，听说吴兆骞的才名后，请他代写《高丽王京赋》。吴兆骞欣然执笔，数千言一挥而就。李云龙大为震撼，回国后四处传扬吴兆骞的才华，因而“其国颇以汉槎（吴兆骞）为重”。
但吴兆骞依旧一如往昔地思念故乡，他无力自救，只能在冰天雪地的宁古塔空自徘徊感叹。
并不是所有人都忘记了他，吴兆骞的生死之交顾贞观就是其中一个。最为难得的是，顾贞观时时刻刻都没有放弃将老友救出生天的计划，并为之付诸行动，费尽心思。
顾贞观本是个风流倜傥、热衷交游的名士，但江南科场案发后不久，他即辞亲远游，来到京师北京。他非常清楚，要想将吴兆骞救出来，只有在京城结交攀附权贵。康熙元年（1662年），顾贞观以一句“落叶满天声似雨，关卿何事不成眠”的诗名满京城，得尚书龚鼎孳和大学士魏裔介引荐，任内阁中书舍人，后掌国史馆典籍。为了营救吴兆骞，顾贞观遍求满朝权贵，并得到了翰林院编修徐乾学（顾炎武外甥）和宋德宜等人的大力相助。但清廷对待江南士子态度素来严峻激烈，单凭这些汉人大臣的力量，还是不足以营救吴兆骞。
康熙十五年（1676年），顾贞观刻意到权相明珠家课馆，得与明珠之子纳兰性德（原名成德，避讳改性德，字容若）相识，成为至交好友。顾贞观恳请纳兰性德为援救吴兆骞出一援手。尽管纳兰性德也很仰慕吴兆骞的才气，但他深知吴兆骞被流徙一事不仅仅是有作弊嫌疑那么简单，涉及朝廷党争和满清对江南士子等诸多背景，其中之复杂，远非顾贞观所能想象，而他素来“不干预政事”，因此没有答应。
当时，顾贞观寓居在北京的千佛寺，大雪纷飞之时，他突然想到了远在天边的吴兆骞，不知道好友平安否？感慨之下，他挥笔写下了二首《金缕曲》：
金缕曲其一季子平安否？便归来、平生万事，那堪回首！行路悠悠谁慰藉？母老家贫子幼。记不起、从前杯酒。魑魅搏人应见惯，总输他，覆雨翻云手。冰与雪、周旋久。泪痕莫滴牛衣透。数天涯、依然骨肉，几家能够？比似红颜多命薄，更不如今还有。只绝塞、苦寒难受。廿载包胥承一诺，盼乌头马角终相救。置此札、兄怀袖。
金缕曲其二我亦飘零久。十年来、深恩负尽，死生师友。宿昔齐名非忝窃，试看杜陵消瘦，曾不减、夜郎僝僽。薄命长辞知己别，问人生到此凄凉否？千万恨、为君剖。兄生辛未吾丁丑，共此时、冰霜摧折，早衰薄柳。诗赋从今须少作，留取心魂相守。但愿得、河清人寿。归日急翻行戍稿，把空名料理传身后。言不尽、频观首。
文采风流，尤其词中饱含深情，感人肺腑。纳兰性德读了这两首词后，大为感动，当场声泪俱下，破例开口道：“古来怀念朋友、抒写友情的诗文中，以李陵与苏武的《河梁生别诗》和向秀怀念亡友嵇康的《思旧赋》最为真挚深切。你的这两首词情真意切，丝毫不让前贤，可与古人鼎足而三。我答应你，一定鼎力营救吴兆骞，并当成我自己的事一样办，但你要给我十年的时间。”
纳兰性德之父明珠当时权倾朝野，他本人又在康熙皇帝身边当一等侍卫[35] ，深得宠幸，但一开口竟然是以十年为期限，可见营救吴兆骞绝非易事。顾贞观则认为十年时间太长，说：“人寿能有几何，十年太长，请以五年为期。”
纳兰性德稍作思考后，还是慨然允诺，并和了一首《金缕曲》送给顾贞观，以表明自己营救吴兆骞当义不容辞：“绝塞生还吴季子，算眼前外皆闲事。”顾贞观也很为纳兰性德的仗义感动，后来在写给吴兆骞的信中称赞其为人“知己之感，令人洒泪，此岂汉人中所可得者”。
于是纳兰性德出面，求父亲明珠出力。明珠开始没有表态，让纳兰性德次日邀请顾贞观到内斋来。第二天，顾贞观如约来到。明珠有意斟了一大杯酒，对他说：“吴素负才名，又与先生莫逆，老夫愿一效绵薄。但先生素不饮酒，今日能为君友饮乎？”顾贞观毫不犹豫，端起酒杯一饮而尽。
明珠又说：“先生南人，不肯效吾旗俗请安。今日更能为君友请安者，老夫必有以报命。”
顾贞观立即上前下跪请安，不稍逡巡。明珠这样饱经世故的老官僚都被顾贞观的朋友之义深深打动了，动容道：“老夫聊相戏耳，不图先生血性热肠一至于此，请放怀以待。”
尽管有了明珠的权势，却还是困难重重。康熙十七年（1678年）正月，康熙皇帝派遣使臣正黄旗都统、内大臣武默讷和一等侍卫对秦为使臣，前往长白山致祭。纳兰性德抢先派人将消息告知吴兆骞，并作了周密的安排。吴兆骞写下了数千言的《长白山赋》，通过武默讷和对秦献给了康熙皇帝。此赋“词极瑰丽”，且铺张扬厉，对长白山极尽渲染。
长白山素来被视为满清的发祥之地，年轻的康熙皇帝读到此赋后，大加赞赏，马上询问作者的情况，得知吴兆骞的情由后，当即就有赦免之意。然而，又有“尼之者”从中阻挠，未能成功。皇帝有意赦免，照样有“尼之者”，由此可见当初江南科场案涉及的背景是何等复杂。
在这样的情况下，纳兰性德与顾贞观商议后，决定走方拱乾赎归的老路，筹集资金，为吴兆骞认修内务府工程，醵金赎吴。当时措赎金最踊跃者为徐乾学。愿意为吴兆骞捐钱者不在少数，辇下名流都以不参与为憾。经过各方奔走，多方斡旋，吴兆骞最终以纳两千金被赎归。
康熙二十年（1681年）七月，还乡诏书终于下到了吴兆骞手中，纳兰性德终于实现了五年为期的承诺。此时，吴兆骞在宁古塔已经度过了二十多个春秋。
当年九月二十日，吴兆骞从宁古塔起程，十一月回到京师，与顾贞观等好友相见后，“执手痛哭，真如再生”。吴兆骞回到北京当日，许多人写诗纪念。益都冯相国有诗道：“吴郎才调胜诸昆，多难方知狱吏尊。”可惜此时吴伟业已去世十年，山东诗人王士禛叹息说：“太息梅村今宿草，不留老眼待君还。”
吴兆骞回到京师后，留在明珠府邸中，为纳兰性德之弟揆叙、揆芳授读，以报答纳兰性德相救之恩。尽管在关外多年，吴兆骞孤傲放诞之性情不改，不久因小事与顾贞观有些嫌隙，顾贞观也不作辩解。明珠知道后，特意将吴兆骞叫到内斋。只见内斋左楹上写着：“顾某为吴某饮酒处。”右楹写着曰：“顾某为吴某屈膝处。”吴兆骞得知情由后大为惭愧，找到顾贞观，声泪俱下地说：“生死肉骨之恩，而以口舌之争辜之，兆骞非人类矣。”二人友谊从此更加亲密。
不久后，吴兆骞返回阔别近三十年的苏州故里，离开时还是黑发青年，回来时已经是白首老翁，怎能不叫人感慨！其时，吴父、吴兄均已经去世，只有老母李氏尚在。吴兆骞即构屋三楹，读书其中。友人汪退谷题其居为“归来草堂”。
长期在关外生活，吴兆骞已不适应江南的水土气候，一回到故乡，就大病数月，手足肿痛，腹疾时发，苦于下泄。后来不得不到京师治病，最后病死于京师旅邸中，时年五十四岁。因家境贫困潦倒，后事由纳兰性德代为料理。
至此，江南丁酉科场案中最传奇的人物吴兆骞最终以凄凉的结局谢世，江南丁酉科场案的最后一点余声终于结束，但其影响远远不止于顺治、康熙两朝。
第八节 金圣叹哭庙案顺治十七年（1660年），紫禁城中的顺治皇帝偶然读到江南士人金圣叹的文章，忍不住称赞道：“此是古文高手，莫以时文眼看他。”
金圣叹听到消息时，正在好友韩住贯华堂[36] 中阅书，当即“感而泣下，因向北叩首”。还特意作诗道：“忽承帝里来知己，传道臣名达圣人。合殿近臣闻最切，九天温语朗如神。”又有“今日长安指日边”“香炉北上是经筵”之句，表达出一种天真的幻想，希望能得到顺治召见，在皇帝身边做个“经筵”大臣。此时金氏决计想不到，一场杀身之祸即将到来。
金氏原姓张，名采，字若采，明亡后改姓金，名人瑞，字圣叹，吴县（今江苏苏州）人。其人能文善诗，孤高率性，倜傥不羁。授徒讲学时，旁征博引，诸子释道，稗官野史，无所不包，议论大都发前人之未发，往往出语惊人，又好炫耀才学，极受当地士庶瞩目，有人目之为“才子”，亦有人视其为“狂生”[37] 。
金圣叹自幼学佛，喜与僧人结交，有联题佛经云：“流水今日；明月前身。”他擅长扶乩降灵，自称天台宗祖师智 弟子的转世化身，托名“泐庵”法师，在江南名气很大，曾至叶绍袁[38] 、钱谦益、姚希孟、戴汝义等名人士大夫家中扶乩，不但写出优美感人的篇章，还往往说中事主心思，由此受到叶绍袁等人的崇信追捧，尊称其为“泐公”或“泐师”。钱谦益直言金圣叹真的像是受到某种神灵支配。入清以后，金圣叹对清人屠杀江南百姓的暴行多有不满，遂绝意仕途，闭门著述。然及他听到顺治皇帝“金口”称赞其文章时，还是受宠若惊，感激涕零，于是出现了“向北叩首”的一幕。
金圣叹期待的皇帝恩召没有到来，反而先传来了顺治皇帝驾崩的消息。虽然满清平定江南已有十余年，但并不得人心，没有多少人真正为皇帝的过世感到悲伤。甚至还有人幸灾乐祸，如文坛盟主钱谦益在哀诏传到江南后，不顾国丧之礼，公然宴饮作乐，还特意在所作诗作《后秋兴之十》题注道：“辛丑二月初四日，夜宴述古堂，酒罢而作。”[39] 然较之旁人，金圣叹多了一份惋惜的伤痛，因为顺治皇帝本有可能成为他的“明主”。此时的金氏万万想不到，一场大狱即将兴起，而他亦将卷入其中。
清廷素怨江南多事，对苏州、松江等地格外征收重赋[40] 。当时苏州吴县县令任维初刚刚上任，即收到江苏巡抚朱国治令牌，称吴县积欠赋税严重，要求尽快上缴上年赋税银两。任维初遂改三六九日追比为日日追比[41] ，还专门在县衙堂上摆放了数十支大竹板，浸在尿桶中，打起人来，无不鲜血淋漓。不几天，就有一人死在板子下。
任维初虽以严刑催征钱粮，然荒年歉收，赋税又重，难以收齐。在这样的困难局面下，任维初竟然还起了贪心，将常平仓[42] 粮食取出，命衙役总管吴行之以高价转手卖给百姓，所得钱财尽数收入自己腰包。至于仓粮短少之数，则分摊给全县各户征收。此事不久即被人揭穿，一时间，民怨沸腾。
刚好这时顺治皇帝驾崩，二月初一，哀诏下到江南。地方官员按照惯例在苏州府院（今江苏苏州道前街会议中心）设置了灵堂、灵牌，江苏巡抚朱国治、道台[43] 王纪及府、县等大小官员均要在灵牌前哭灵三日。
二月初四，义愤填膺的吴县诸生（通过院试的秀才）决意当众控告任维初的罪行，遂相约到文庙[44] 哭庙[45] ，再去府院向江苏巡抚朱国治参告县令任维初。
生员倪用宾、薛尔张等人写好揭帖后，想多取得一些人的支持，便拿着揭帖去雅园（在因果巷与阊邱坊间）找在乡官宦顾予咸，请他指点。
顾予咸字小阮，一字以虚，号松交，出自“江南第一读书人家”唯亭[46] 顾氏，顺治四年（1647年）中进士，历知宁晋（今属河北）、山阴（今属浙江）、江阴。任知县期间，曾以收买叛徒作耳目的办法，扑灭了抗清义军白衣义军，由此被清廷“举天下卓异第一”，后升任吏部考功司员外郎。这一次，顾氏是因病回家乡苏州休养，因其在当地名望很高，又在京师任职，所以生员自然而然地想到了他。
倪用宾、薛尔张等人去找顾予咸后，另一名生员丁澜则去找苏州府学教授程翼苍[47] ，索取文庙钥匙。
苏州顾予咸石刻像程翼苍是顺治九年（1652年）壬辰科老进士，正与到访的金圣叹闲谈。丁澜进来后，金圣叹听说哭庙一事，连声道：“参得好，参得好。”程翼苍也对任维初不满，当即将文庙钥匙交给了丁澜。丁澜取到钥匙后，与倪用宾会合，邀集了一百多人，齐至文庙，鸣钟击鼓，对着孔子的牌位放声痛哭。哭毕，诸生按照计划向苏州府院进发。沿路多有相随者，竟至千余人。
到了府台衙门，倪用宾等人进呈参帖，要求驱逐吴县县令任维初。江苏巡抚朱国治见生员聚集在衙门之外，群情激愤，且看热闹的民众越来越多，担心事情闹大，忙下令逮人。兵丁涌出，当场抓住了倪用宾、沈大来、顾伟业、张韩，来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪十一人，余人四散而逃。
这十一人中，丁观生是生员丁澜堂兄，朱时若是沈大来妹婿，均是跟来看热闹的，属于无辜受累。其余九人，则是随同倪用宾的生员。
道台王纪负责审理此案。王纪听说生员初衷只是为揭发吴县县令任维初的罪行，遂招来吴县衙役总管吴行之，询问私卖仓粮情况。吴行之招出了实情，称卖粮一事受命于县令任维初。
王纪问任维初道：“为什么要在征收钱粮时粜卖仓粮？”任维初竟堂而皇之地回答道：“犯官到县止二月，无从得银，而抚宪[48] 索馈甚急，故不得已而粜粮耳。”意思是，全因巡抚朱国治催粮催钱甚急，才不得不如此。
朱国治见任维初毫不避讳地牵扯出自己，忙出面庇护，为任维初开脱罪责，称卖粮是为清廷征集兵饷急用，并伪造了一系列文书、口供，掩饰了任维初盗卖官粮一事。
同日，苏州府学教授程翼苍听说自己的学生被官府拘拿，急忙写了参本，列出县令任维初催粮严酷、杖毙人命、私卖仓粮、中饱私囊等罪状，着人连夜送给巡抚朱国治。
程翼苍的本意，只是想营救生员，但他料不到的是，正是他这份参本，促使朱国治下定了要将众生员置于死地的决心。
二月初五，众官员哭灵完毕。朱国治召集众官员道：“本想从轻发落任县令一事，不料众生员鸣钟击鼓，震惊先帝之灵。而今又有陈教授参任县令，只得呈报朝廷惩处，诸位以为如何？”
众官员不敢有异议，朱国治遂以震惊先帝、聚众倡乱、情同谋反的罪名，将苏州诸生上告朝廷。
顺治十八年（1661年）二月十一日，朱国治奏疏抵达中枢。当时康熙皇帝年幼，由顾命大臣鳌拜辅政。适逢江苏金坛有义士反清，重镇镇江发生失窃机密案，清廷对哭庙案极为重视，立即派出满人大臣刑部侍郎叶尼、理事官英孥、春沙、海勒布前往江苏会审。
老谋深算的朱国治知道事情因吴县县令任维初而起，苏州民众尽知真相，担心在苏州会审将激起民变，遂刻意将会审地点安排在江宁。
四月初，倪用宾等十一人被吴县捕厅押送至江宁，一路吃尽了官差苦头。吴县县令任维初与苏州府学教授程翼苍，亦被传唤至江宁候审。
四月初八，会审正式开始，叶尼等四位钦差居中而坐，两江总督郎廷佐、江苏巡抚朱国治分坐两边。
郎廷佐与程翼苍有旧，有意为其开脱，一见到其人上堂，便问道：“你是吴县教官吗？”
程翼苍一怔，答道：“不是，是苏州府教官。”
郎廷佐立即道：“我以为是吴县教官呢，既是苏州府教官，这事跟你没有关系，快些出去。”
朱国治忙派人拦住程翼苍，告道：“总督大人只是叫你出去，四位钦差大人还没有发落，后日审讯，你还要再来，不得有误。”
四月初十第二次会审，程翼苍再次入堂。郎廷佐很是意外，问道：“你不是苏州府教官吗，我叫你回去，为何不回去？”
程翼苍不敢说是朱国治阻拦，只答道：“在此听候。”
郎廷佐多少有些会意过来，便笑着对钦差叶尼道：“天下竟有这种书呆子！”又转过头来，厉声呵斥道：“这是什么地方，要你在此听候吗？还不快走！”
朱国治心中不甘，却因位居总督郎廷佐之下，不便当众忤逆上级。叶尼等满人官员也不知究竟，程翼苍由此退出，随即返回苏州。
叶尼随后提审倪用宾等十一人，诸生均诉说到文庙鸣钟击鼓缘由，是要参告吴县县令任维初私卖仓粮。
因清廷点名要将哭庙、金坛谋反、镇江失窃机密三案同查，哭庙已与谋反性质等同，叶尼早已有先入为主之印象，立即一拍惊堂木，喝道：“要你们招供谋反事由，为何以任维初卖粮作答？”下令将十一人各杖三十，又动了夹棍酷刑。
生员们禁不住拷打，陆续招出薛尔张、姚刚、唐尧治、冯郅、杨世俊、王仲儒六名生员参与了哭庙。
叶尼闻言，立即发牌令至苏州府，命当地官府逮捕薛尔张等人，并解往江宁候审。
除此之外，苏州富豪朱嘉遇父子及吏部员外郎顾予咸亦受到牵连。朱嘉遇之子朱真亦是苏州府学生员，倪用宾等十一人被逮捕下狱后，朱嘉遇同情生员遭遇，曾与儿子朱真到大狱送酒菜给倪用宾等人，由此被巡抚朱国治盯上，被当作倪用宾同党，与薛尔张等人一并被逮捕。
生员哭庙之前，曾去雅园找过吏部员外郎顾予咸。朱国治查知后，倒也不敢轻易得罪顾氏，倒不是对方在朝中任职，而是顾予咸是江南第一批主动应试满清科举的士人，曾被“举天下卓异第一”，颇得朝廷宠幸。为了试探顾予咸态度，朱国治派道台王纪前去探访。闲谈中，顾予咸随口道：“哭庙一事，民心可见，任县令怕难任吴县父母官了。”
王纪回报给朱国治后，朱国治知道顾予咸站在生员一方，担心顾予咸出面干预，向朝廷揭发哭庙案真相，又欲向苏州大族立威，遂下令将仍有官职在身的顾氏也逮送江宁。
四月十三日，朱嘉遇父子及薛尔张等七名生员均被戴上枷械，由官差押解上路。顾予咸有吏部员外郎官职，未受此待遇。他以为只是跟苏州府学教授程翼苍一样，临时传召作证人，也没太当回事。然到江宁城门时，官差忽然取出枷锁，将顾予咸双手绑了起来。
顾予咸大惊失色，道：“我没有被削职，为何缚我双手？”
官差答道：“这是抚宪大人命令，小的亦无奈。”
尾随的顾氏仆人见突然生变，急忙掉头返回苏州禀报。顾家人立时意识到事情的严重性，紧急商议后，急着人携带重金赶赴北京，联络在朝为官的顾予咸之弟，欲抢在定案之前搭救顾予咸。
薛尔张等人被解到江宁后，立即受到酷刑拷问，但薛尔张始终不肯招认。
顾予咸过堂时，才知道自己已被定为哭庙案主谋，是生员哭庙的幕后指使者，大惊失色，忙申辩自己无罪。但朱国治有靠哭庙案立功媚上之意，欲穷究猛治，叶尼等满臣亦持相同意见，顾予咸遂被下狱，与薛尔张等人关在一处。
狱卒受命着意折辱顾氏，将一大铁索来回环绕在他颈上。顾予咸难以抬头，也不能躺下休息，只能倚墙而坐，备受黑狱煎熬之苦。
在朱国治的唆使下，叶尼又派人召回苏州府学教授程翼苍，要他交代参与哭庙的生员的名字。朱国治称当时参与哭庙者有千人之多，叶尼便责令程翼苍如实列出所有人的名单。
程翼苍负责掌管文庙钥匙，而今“哭庙案”莫名成为惊天大案，他作为交出钥匙者，自知难以脱身，惶恐难安之下，当即写出了几十名生员的名字。
两江总督郎廷佐得知后，急派心腹去见程翼苍，劝慰道：“你虽列出了几十人，仍然不满千人之数，何必徒然害人？”
这位郎廷佐[49] 字一柱，汉军镶黄旗人，自父亲郎熙载起，两代人均为满清效力，备受信任，郎廷佐之孙还娶了靖南王耿精忠爱女。正因为“性行纯良，才能敏练”，又是满清心腹，清廷才放心将江南这块动荡不平之地交给了郎廷佐管理。郎廷佐倒也不负所望，曾率领江宁军民力御郑成功大军于城外，并施以缓兵之计，最终力克强敌，焚毁郑氏敌舰五百余艘，擒斩无算，郑成功狼狈逃遁入海。
然郎廷佐与朱国治眼光完全不同，他深知要想江南安稳平静，必须赢得士人之心，之前的“江南丁酉科场案”及“郑成功通海案”已牵累无算，在江南士林中引发了极大的怨气，轩然大波尚未平息，实不必再兴风作浪。
出于清廷更长远的利益考虑，郎廷佐遂冒险派人提点程翼苍。程翼苍骤然醒悟，当即毁去原名单，只供出了向他领取钥匙的丁澜，并以当时在场的金圣叹为证人。叶尼、朱国治等人再三盘问，程翼苍只推说不知有他人参与哭庙。因郎廷佐出面维护，程翼苍又有诸多同年、门生在朝中为官，朱国治等人也不好过于强硬，只得就此作罢。程翼苍遂被放回，得以解脱。
程翼苍供出的丁澜、金圣叹立即被逮捕。官差赶到金家时，金圣叹正在上厕所，官差等不及，大声催促。
金圣叹叹道：“你亦公人，我亦恭人（古语称上厕所为出恭），何故相逼甚急？”
官差久闻金圣叹狂名，也不与他计较，只是不停催促。
四月二十七日，丁澜、金圣叹被押解到江宁。郎廷佐抢先提审，当面告道：“任县令一案，到此为止，不得胡乱攀招他人。”
次日，叶尼等人升堂会审，丁澜、金圣叹一上堂，便被各打了三十大板，又受夹棍之刑。
金圣叹莫名被牵扯进来，疼痛难忍之下，想到顺治皇帝曾盛赞自己的文章，便大呼“先帝”。
叶尼等满人大臣大怒，厉声斥道：“皇上（指康熙皇帝）刚刚登基，你便呼喊先帝，是诅咒当今圣上吗？”命人掌嘴。金圣叹被打得脸颊高肿，口齿流血，连话也说不出来。
不久，叶尼等人会同江苏巡抚朱国治审结哭庙案，以“大不敬”和“摇动人心倡乱”的罪名，判处倪用宾、金圣叹等十八人死刑，“不分首从，立决处斩”。妻子远戍边塞，奴仆及家资财物，全部抄没入官。
十八人中，包括最先被逮捕倪用宾等十一名生员，第二批被逮捕的薛尔张等五名生员（生员杨世俊判杖四十，流三千里），以及最后被逮捕的丁澜、金圣叹。因金圣叹名望最高，遂被构陷为揭帖《哭庙文》的撰写者，为领导诸生的首脑人物。
吏部员外郎顾予咸则被诬陷为这起哭庙案的幕后主谋，也被判处死刑，因是朝廷命官，拟处绞刑，家产没官。
莫名卷入的苏州富豪朱嘉遇杖三十，其子朱真杖三十，革除学籍。至于另外两位官场上的人物，吴县县令任维初无任何过错，免责。衙役总管吴行之杖三十，革役。
五月初一，任维初得意扬扬回到苏州复任，继续催逼钱粮，气焰不可一世。
同时，地方官府不等朝廷回复，便在巡抚朱国治指使下，开始逮捕顾予咸等人家人，抄没其家产。顾予咸妻、子均被逮捕下狱，家中值钱财物被官差劫掠一空。当晚又有三十余名盗贼越墙而入，将余剩之物掠去。本是苏州巨富的顾家，登时一贫如洗。
苏州富豪朱嘉遇本只判杖刑，家产不在抄没之列，然地方官员误将牌令上朱时若当作了朱嘉遇，急不可待带人前去抄家，所得金银珠宝不计其数。朱嘉遇一妻二妾及其子朱真妻子均遭逮捕下狱。后得知牌上朱姓是朱时若时，朱嘉遇眷属才被放回，然所损失财物是拿不回来了。
清廷收到叶尼、朱国治等人的联名奏章后，因哭庙案是要案，特意召开议政王大臣会议[50] ，商量处置事项。会议由议政王杰书主持。吏部员外郎顾予咸家人已用重金打通关节，读奏章者大声念道：“薛尔张将参任县令的帖子给顾予咸看，顾说：‘这是什么时候，你要讲告？’将揭帖丢到地上，甩手而去。”
议政王杰书听到这里，插话道：“既丢在地上，便无罪了。”
因杰书的这一句话，顾予咸得以死里逃生，但其他人就没有这么幸运了。
六月二十日，清廷文书到达江宁：准倪用宾、沈大来、顾伟业、王仲儒、薛尔张、姚刚、丁澜、金圣叹著处斩，妻子流放边疆，家产抄没入官；张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、唐尧治、冯郅俱处斩，免抄没家产；顾予咸无罪，免革职。其余依原奏章。
狱卒来到牢房，取下顾予咸颈上铁索后，顾氏颈中脓血横流，情状惨不忍睹。
朱国治本欲置顾予咸于死地，所以刻意指称其人为哭庙案主谋，想不到顾氏却扭转了局面，无罪释放，不禁拍案叫道：“此老奴竟有如此好手段！”
此时的朱国治正为替清廷立下“新功”而志得意满，他决计想不到，他得罪的不只是有“好手段”的顾予咸，还与所有苏州士民结下了深仇大恨，而这一点，也最终成为他的死因。
朝廷文书下达后，哭庙案便成为板上钉钉的铁案，只等秋后问斩金圣叹等人。十八名死囚反应不一，得知遇赦无望后，便各自写下遗书，托人带回家中。
金圣叹撕下衣襟，以手指蘸墨，在布上写道：“杀头，至痛也；籍没，至惨也；而圣叹以无意得之，不亦异乎？若朝廷有赦令，或可免耳。不然，死矣。”
七月初八，清廷忽然颁下圣旨，赦免了金坛谋反案中的一名死刑犯。江苏巡抚朱国治联想到顾氏家人施展手段营救顾予咸一事，生怕秋决之前，朝廷下诏赦免哭庙案人犯，留下后患，不由得忧心如焚，只想早些动手杀人。
七月十三日是立秋之日。清晨，两江总督郎廷佐出城相送叶尼等钦差回京。郎廷佐前脚刚走，朱国治后脚便命人从狱中提出金圣叹等十人，连同金坛、镇江及他案罪犯一百二十一人，押赴三山街法场。
当日是下午午时立秋，朱国治却等不及，巳时刚过，不顾离立秋还差一个时辰，即下令开斩。
临刑前，金圣叹看到人群中的家人，长叹道：“莲（怜）子心中苦；梨（离）儿腹内酸。”家人忍不住号啕大哭，围观者也为之心酸，潸然泪下。
金圣叹又索取纸笔，手书给妻子道：“字付大儿看，腌菜与黄豆同吃，大有胡桃滋味，此法一传，我无遗憾矣。”
金妻不明所以，然监斩官朱国治得知手书内容后，只冷笑道：“金圣叹死犹侮人。”
一声炮响，一代才子，就此人头落地。
金圣叹在文学批评上成就巨大，前无古人，后无来者。他本计划批“六才子书”——《庄子》《离骚》《史记》“杜诗”《水浒传》《西厢记》——然只完成了《水浒传》《西厢记》的全批，“杜诗”的一部分，便因“哭庙案”而无端殒命，时年五十四岁。他曾感叹时势云：“真读书人天下少，不如意事古今多。”终于一语成谶[51] 。
金圣叹批《西厢记》金妻本该在流放之列，因身患重疾，又经旁人大力营救，免除了牢狱之苦。金圣叹长子金雍（字释弓）时已成人成家，已按判逮捕下狱，不日流放宁古塔。女儿金法筵时年十一岁，也跟其母一样，逃过一劫。然金家家产均被抄没，金妻及金女女流之辈，无力为金圣叹置办后事。最后还是吴江才子沈永启[52] 出面，将金圣叹遗骸运回苏州，安葬在五峰山博士坞[53] 。七月十四日，金雍等被判流刑的八家家眷身带械具，镣铐叮当地踏上了流放之路，被解往宁古塔为奴。亲人离别，痛哭哀号声，声传数里之外，闻者均心酸落泪。时人有诗记道：中丞杀士有余嗔，罗织犹能毒缙绅。开府罢官贪吏死，辟疆园裹自垂纶。丁澜侠骨世无伦，哭庙焉能遂杀身？纵酒著书金圣叹，才名千古不埋沦。
至此，喧嚣一时的“哭庙案”最终以诸多人头落地降下了帷幕。
这一年，为顺治十八年（1661年），正好是顺治驾崩、康熙御朝的新旧交替之机。
康熙二十年（1681年），由于“三藩之乱”已平，康熙皇帝御太和门受贺，宣捷中外。又加上太皇太后、皇太后徽号，颁发恩诏，并准许辽东流人赎归。大才子吴兆骞便是在这样的背景下以认修内务府工程的方式返回中原，金圣叹之子金雍亦用类似的方式，同年返归。
此时的金雍已年过五旬，白发苍苍，回到苏州时，母亲刚刚过世不久。其妹金法筵有《家兄归自辽左感赋》云：
廿载遐荒客，飘零今始归。相看疑顿释，欲语泪先挥。郁塞千秋恨，蹉跎万事非。不如辽左月，犹得照慈帏。
再说江苏巡抚朱国治的结局。哭庙案不久，朱国治母亲去世。中国传统，父母去世，官员要在家丁忧守丧三年[54] 。但朱国治是汉军正黄旗人，清制：隶旗下者例不丁忧，守丧二十七日，即出视事。朱国治按制守丧二十七日后，上奏请进止，无非不想再在已引发公愤的江南任职，想另调他职。
朱氏其人在江苏巡抚任上时，一手炮制了“奏销案”“哭庙案”，人称“朱白地”[55] 。这位朱白地不但得罪了江南士民，就连两江总督郎廷佐等官员亦深怨其人。朱氏丧母刚好是个大好的机会，于是，对朱国治不满者趁机活动，清廷竟由此下了一道诏书，命朱国治归家，为母亲守丧三年，又另派韩世琦（号心康）接任江苏巡抚。
朱国治大失所望，料想已彻底失宠于朝廷，又自知在吴地不得人心，生怕失势消息传开后，吴人会对自己不利，于是不等新任巡抚韩世琦到任交接，便仓促离位，乘轻舟遁去。
有心人又趁机上书弹劾朱国治。朝议以大臣擅离汛地，拟降五级，而严旨切责，将朱国治革职为民。
康熙十年（1671年），又有有心人向康熙皇帝力荐朱国治，推其补云南巡抚。两年后，吴三桂起兵叛乱，杀朱国治祭旗。朱氏身体被吴三桂将士分而食之，尸骨无存。后人有诗叹道：
祸深逢掖岂无因，节钺江南密网陈。窃得官储输莫狂，还君印绶杀君身。
至于吴县县令任维初，只比金圣叹等无辜遇害者多活了数月。新任江苏巡抚韩世琦到任后，即了解“哭庙案”的真相，虽不敢忤逆朝廷，公然为金圣叹等人鸣冤翻案，却也对任维初品性极为反感，不久即另寻过错将任维初逮捕，亦斩首于南京三山街。后人有诗道：
巧将漕粟售金银，枉法坑儒十八人。天道好还君不悟，笪桥流血溅江滨。
再说韩世琦到任后的几桩故事。韩世琦是汉军正红旗人，曾任顺天巡抚，是清廷心腹。他上任江苏巡抚后，先杀了吴县县令任维初，再拨调官银，改筑苏州城墙，高二丈八尺，女墙高八尺（今所见苏州砖头城墙大多为清初韩世琦所建），言行、态度大大有别于前任朱国治，由此颇得人心。
当时有赤脚张三率渔民义军“白头兵”活动在苏州、松江一带，屡次打败清兵，与地主、富户为敌，声势十余年不衰。清地方官吏对此十分头疼，却因张三行踪神出鬼没，而莫之奈何，遂将张三活动的太湖流域视为最可怕的危险地带。韩世琦到任后，欲发重兵围剿张三。苏州乡绅朱允恭主动请缨，以老交情诱捕张三，不费一兵一卒，替韩世琦除去了心腹大患。换作朱国治在任，断无士绅肯为其出力冒险。
韩世琦到任江南不久，即收到平西王吴三桂的亲笔书信，称女婿王永宁（《履园丛话》记为王永康）是苏州人氏，刚在云南成亲，现下要返回苏州，请韩世琦为爱婿爱女置办一处住宅。
王永宁幼年丧父，由邻居抚养长大，三十多岁还不能自立，亦未成家。有一天，一位老亲戚来看王永宁，告诉他一桩大事：王父与吴三桂同为军校，不但是至交好友，还曾结为儿女亲家。后来吴三桂飞黄腾达，直至一飞冲天，王父则早早病死，死前来不及将婚约告诉儿子。
王永宁做梦也想不到还有这样的美事，忙谢了老亲戚，向左右邻居借了些盘缠路费，动身赶往云南求见吴三桂。
虽然经历了一番波折，王永宁最终还是如愿以偿，见到了大名鼎鼎的平西王。吴三桂回忆了很久，终于想起确实有这么回事。他在大节上反复无常，对这桩婚事倒也没有反悔，立即授王永宁三品官衔，选了一个女儿嫁给他。穷光棍转身变成了亲王女婿，贵不可言。在昆明住了一段时间后，王永宁便想回苏州老家。为了满足女婿衣锦还乡、光宗耀祖的美梦，吴三桂特意写信给刚刚上任江苏巡抚的韩世琦，命他事先打点好一切。
彼时南方未定，南明永历政权实力仍不容小觑，清廷需要利用吴三桂来平定西南，韩世琦亦不遗余力地讨好吴三桂，出资买下拙政园，送给了王永宁。
拙政园是江南古典园林的代表作品，始建于明正德四年（1509年），由罢官还乡的御史王献臣以大弘寺址拓建为园。“拙政”取晋代潘岳《闲居赋》中“灌园鬻蔬，以供朝夕之膳……此亦拙者之为政也”意。中亘积水，浚治成池，弥漫处“望若湖泊”。园多隙地，缀为花圃、竹丛、果园、桃林，建筑物则稀疏错落，共有堂、楼、亭、轩等三十一景，形成一个以水为主、疏朗平淡，近乎自然风景的园林，“广袤二百余亩，茂树曲池，胜甲吴下”。
王献臣死后，其子一夜豪赌，将拙政园输给了同郡徐少泉。此后，徐氏在拙政园居住长达百余年之久，后徐氏子孙亦衰落，园渐荒废。
明崇祯四年（1631年），刑部侍郎王心一购得拙政园东部十余亩荒地，悉心经营，布置丘壑，于崇祯八年（1635年）落成，名“归田园居”。园中部及西部则屡屡易主。
顺治四年（1647年），刚从黄毓祺案中脱身的钱谦益、柳如是夫妇入住拙政园。钱谦益增建曲房，作为柳如是妆楼。
顺治五年（1648年），徐少泉第五代传人不堪清军将领骚扰，将拙政园以二千金廉价卖给大学士陈之遴。陈之遴得园后重加修葺，备极奢丽。然陈氏长年在京为官，后又被谪辽东，客死于谪所，从始至终都未踏进拙政园一步。
陈之遴既败，拙政园亦没为官产，被圈封为宁海将军府，次第为王、严两镇将所有，后又改为兵备道（安姓）行馆。吴三桂写信给韩世琦后，清廷为讨好吴氏，先将拙政园发还陈氏，再由韩世琦出面代买，如此便顺理成章地将官产又变回了私宅。
王永宁携妻子回到苏州后，嫌拙政园不够气派，下令翻新重建。在此以前，拙政园园主虽屡有变动，但大都仍保持了园林原貌，独独到了王永宁这里，大兴土木，易置丘壑，面貌大改。如园内建斑竹厅、娘娘厅，为王永宁夫妇居处。又有楠木厅，列柱百余，石础径三四尺，高齐人腰，柱础所刻皆升龙，又有白玉龙凤鼓墩，穷极侈丽。
王永宁常在园中举办宴会，令家姬演剧，时人有“素娥几队出银屏”“十斛珍珠满地倾”之句。
王永宁夫人人称“吴小姐”，倚仗其父吴三桂势力，骄横跋扈。她见苏州河多船多，便派人强占码头，自行收取费用，发一笔横财。地方官府根本不敢出面，任其作为。吴小姐春日出游，前面有大队人马开道。一次过桥时，桥上游人来不及回避，吴小姐手下便直接将众游人推落河中，导致十余人溺死。有御史据实弹劾，清廷不想得罪吴三桂，只将奏本留中不发。
后吴三桂起兵反清，王永宁事先已有所知，惧而先死，吴小姐被逮捕下狱，家产籍没。王永宁增建的雕龙柱础及楠木柱石等尽输京师，拙政园由此破败。至康熙十八年（1679年），拙政园改为苏松常道新署，参议祖泽深将园修葺一新，增置堂三楹。
康熙二十三年（1684年），康熙帝玄烨南巡，曾慕名来到拙政园，然园“廿年来数易主，虽增葺壮丽，无复昔时山林雅致矣”。
对比于哭庙案诸生员无辜被杀，及王永宁一夜暴富及嚣张，便可见政局的微妙：清廷一面用残酷手段镇压异己，打压江南不平之气，宁可错杀枉杀，也不放过；另一面又要借助吴三桂来对付明朝残余势力，是以处处姑息，终至养虎遗患。
“哭庙案”与“通海案”“奏销案”合称“江南三大案”，“哭庙案”与“郑成功通海案”相提并论，足见清廷对这起案子的定性。
因“哭庙案”牵涉入狱又幸免于难的顾予咸曾在《雅园居士自叙》一文道：哭庙虽是苏州习俗，但换了新朝，清廷对此“未之前闻，张皇摭拾”，故兴起大狱。
这显然有为清廷开脱的嫌疑，其中却反映出一点，顾予咸也很清楚：“兴起大狱”的根源并不是朱国治、任维初，而是朝廷。清廷先后制造一系列大案，意在以高压手段打压江南士子，“哭庙案”不过是其中一起而已。跟前面提及的南北党争一样，朱国治、任维初只是由头和工具。尤其朱国治，充当了清廷的刽子手，价值利用完了，便被彻底摒弃，清廷还能由此挽回形象及人心。
尽管公认的罪魁祸首也没有太好的结局，然因“哭庙案”而笼罩在江南士人心头的阴影多年后仍不能散去——满清刻意罗织罪名，导致江南才子金圣叹殒命于屠刀之下，就连最早主动为满清效力的顾予咸亦接连罹祸[56] ，旧巢覆破，新枝难栖。悲愤与惶恐，幻灭与失落，复杂的心绪交相环绕。
康熙皇帝为心智极高之人杰，登基后便充分意识到江南士人离心力的重大威胁。但他没有像以往执政者那样以高压来解决，而是采用了更高明的方式——
开“博学鸿词科”[57] ；选派文学才华杰出的大臣出任江苏巡抚；又以汉人心腹安插在江南，借诗酒流连，广泛结交江南文人。
于是便有了曹氏三代累任江宁织造六十年之久，于是便有了曹寅《楝亭图》，亦由此诞生了文学名著《红楼梦》。
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